國家稅務總局頒布的《關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號，以下簡稱通知），從2007年2月開始執行以來，出現了一些新的問題，本文對此進行闡述，并提出解決的建議。
問題一：逃避或拖延土地增值稅清算
在通知執行過程中，仍有一些房地產開發企業采取分期開發、保留尾盤等手段，故意逃避或拖延增值稅的清算；有些手段更隱蔽，選擇控制預售比例及在財務收支上做文章，如將項目銷售比例控制在85%之內，以此逃避清算管理。
對策：要進一步嚴格有關規定，明確界定分期開發和全盤銷售的概念，并制定嚴格的懲罰標準。
問題二：收入確認不及時、不規范
納稅人轉讓房地產所取得的收入是指轉讓房地產的全部價款及有關的經濟收益，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。實際上，可以把納稅人取得的收入分為直接銷售開發產品取得的收入和視同銷售房地產收入，上述兩項收入均應申報作為計算土地增值稅的項目。但在實際操作中，經常會出現以下問題：一是部分房地產企業推遲工程決算。將預收購房款或當期售房款長期掛在往來賬上作為調節利潤的工具，不及時結轉收入，延遲開具房地產銷售專用發票。二是部分房地產企業以部分房款抵償工程成本，造成資金直接在賬外循環。三是部分房地產企業對需要視同銷售的開發產品不申報銷售收入。四是對直接銷售的開發產品，以一房一價為名，降低房價，侵蝕土地增值稅的稅基。
對策：對房地產開發企業將開發產品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時，應視同銷售房地產。
問題三：成本費用扣除任意虛增、混淆歸屬范圍
成本費用的扣除是土地增值稅清算的難點和重點。房地產項目開發周期長、成本內容繁雜，部分房地產企業通過虛列成本和費用等手段偷逃稅金。因此，成本和費用應作為土地增值稅清算審核的重點。目前房地產開發企業的違規行為主要有以下幾種:一是通過虛開發票、虛構工程項目和工作量來虛列或高估成本。二是混淆成本歸屬期、成本所屬項目，任意控制成本結轉。三是將車庫、物業管理用房等成本計入住宅成本，導致虛增扣除項目。
對策：對是否任意擴大成本費用扣除范圍的，可以從以下標準判斷：若部分房地產項目的物業管理用房在各房地產經營企業的固定資產賬上無記錄，而且又不是業主的共有財產，就可斷定房地產開發企業已將此項物業管理用房的成本，計入了商品住宅的成本，即虛增了成本扣除項目。正確做法應是將其成本單獨核算，計入房地產經營企業的固定資產，如果將為多幢房屋服務的物業管理用房的成本攤入商品住宅成本，那么這些房屋的產權就應明確為購買小區的業主所共有。這樣才能保證扣除項目的準確性。對整個項目的銷售平均價進行統計，在發現平均價明顯低于同一地區、同一年度、同類產品的“平均價格”或“市場價格”時應格外注意。同時，對單套房屋的銷售單價低于同類房屋5%時應提請企業給予合理的解釋。對那些轉移利潤形成的低價格據實調整。關注企業是否將車庫、物業管理用房等單獨核算成本。對未單獨核算成本的應將車庫的建造成本從商品住宅成本中轉出。對非小區業主共有的物業管理用房，關注是否已將物業管理用房的成本從商品住宅成本中扣除。
