一、公益性捐贈支出在會計處理上，公益性捐贈支出在“營業外支出”科目核算。在稅務處理上，根據《企業所得稅法》第九條規定，企業發生的公益救濟性捐贈，在年度利潤總額12％以內的部分，準予扣除。《實施條例》第五十一條規定，企業所得稅法第九條所稱公益性捐贈，是指企業通過公益性社會團體或者縣級以上人民政府及其部門，用于《中華人民共和國公益事業捐贈法》規定的公益事業的捐贈。第五十三條規定，企業發生的公益性捐贈支出，不超過年度利潤總額12%的部分，準予扣除。年度利潤總額，是指企業依照國家統一會計制度的規定計算的年度會計利潤。
1.公益性捐贈稅前扣除的管理
界定公益性捐贈支出的關鍵是明確國家機關和公益性社會團體。國家機關是按照政府組織法成立的具有行政管理職能的行政機關，比較明確。實施條例對公益性社會團體界定的條件和標準進行了明確規定。《實施條例》第五十二條規定，本條例第五十一條所稱公益性社會團體，是指同時符合下列條件的基金會、慈善組織等社會團體：（1）依法登記，具有法人資格；（2）以發展公益事業為宗旨，且不以營利為目的；（3）全部資產及其增值為該法人所有；（4）收益和營運結余主要用于符合該法人設立目的的事業；（5）終止后的剩余財產不歸屬任何個人或者營利組織；（6）不經營與其設立目的無關的業務；（7）有健全的財務會計制度；（8）捐贈者不以任何形式參與社會團體財產的分配；（9）國務院財政、稅務主管部門會同國務院民政部門等登記管理部門規定的其他條件。
2.公益性捐贈的扣除比例規定
按原稅收規定，內資企業發生的公益性捐贈，對教育事業、老年服務機構、青少年活動場所以及經國務院批準的中國紅十字會等基金會允許全額在稅前扣除，其他公益性捐贈按照應納稅所得額3％在稅前扣除；外資企業的公益性捐贈允許全額在稅前扣除。稅法第十一條規定，企業發生的公益性捐贈支出，在年度利潤總額12%以內的部分，準予扣除。
3.公益性捐贈的扣除比例的基數
過去，無論內資企業還是外資企業，計算公益性捐贈稅前扣除的基數都是應納稅所得額。新稅法將公益性捐贈扣除比例的基數由應納稅所得額改為利潤總額，主要原因是便于公益性捐贈扣除的計算，方便納稅人的申報。公益性捐贈支出按照應納稅所得額一定比例在稅前扣除，在計算公益性捐贈支出稅前扣除額時，由于公益性捐贈支出是計算應納稅所得額的組成部分，需要進行倒算，非常麻煩，容易出錯，也不利于企業所得稅納稅申報管理。
實施條例規定，年度利潤總額，是指企業依照國家統一會計制度的規定計算的年度會計利潤。例如，2008年，企業向符合稅法優惠條件，經認定的公益性社會團體ABC基金會捐贈貨幣性資產和非貨幣性資產合計100萬元，2008年，該企業按照國家統一會計制度計算的會計利潤總額（利潤表中利潤總額）800萬元。按照新的企業所得稅法的規定，企業向公益性社會團體ABC基金會捐贈扣除限額為96萬元（800萬元×12％），企業實際捐贈數額100萬元，大于扣除限額4萬元（100－96），應作納稅調整增加，并入應納稅所得額征收企業所得稅。
二、企業提取的專項基金對于特殊行業的特定資產，通常需要根據國家法律、行政法規和國際條約等規定，承擔環境保護和生態恢復等義務，如核電站設施等的棄置和恢復環境義務。對于企業這部分支出，國家有明確的法律規定和要求，有專門和特定的用途，稅收處理上給予一定的支持。《實施條例》第四十五條規定，企業依照法律、行政法規有關規定提取的用于環境保護、生態恢復等專項資金，準予扣除。上述專項資金提取后改變用途的，不得扣除。
三、企業財產保險支出在會計處理上，企業的保險費支出在“銷售費用”科目核算。企業參加財產保險所發生的支出，是企業正常經營必要合理的支出，符合稅前扣除的一般要求。因此，《實施條例》四十六條規定，企業參加財產保險，按照規定繳納的保險費，準予扣除。
四、勞動保護支出在會計處理上，企業的勞動保護費支出在“主營業務成本”和“其他業務成本”科目核算。企業根據勞動保護法等有關法規規定，確因工作需要為雇員配備或提供工作服、手套、安全保護用品、防暑降溫用品等勞保費支出，一般可以據實扣除。《實施條例》第四十八條規定，企業發生的合理的勞動保護支出，準予扣除。本地區企業勞動保護支出扣除的控制標準可根據本地區的地理環境、氣候特點等因素確定。為了防止企業利用不合理的勞動保護支出避稅，一般把非因工作需要和國家規定以外的帶有普遍福利性質的支出，除從職工福利費用中支付的以外，一律視為工資、薪金支出。
五、營業機構內部往來的處理
在企業的經營活動中，經常發生內部提供管理服務、融通資金、調劑資產等內部往來活動。過去，內資企業基本納稅實體界定上遵循獨立核算標準，將企業內部能夠獨立核算的營業機構或分支機構作為獨立納稅人處理，為準確反映企業不同營業機構的應納稅所得額，對內部提供管理服務、融通資金、調劑資產等內部往來活動一般需要按照獨立交易原則處理，分別確認應稅收入和費用。
《實施條例》第四十九條對企業內部和管理方的業務往來作出重新規范，規定企業之間支付的管理費、企業內營業機構之間支付的租金和特許權使用費，以及非銀行企業內營業機構之間支付的利息，不得扣除。主要考慮：一是企業內營業機構之間支付的租金和特許權使用費，以及非銀行企業內營業機構之間支付的利息，本身是同一法人內部的交易行為，不宜作為收入和費用體現；二是由于企業內各營業機構是一獨立的納稅人，而且新稅法實行法人所得稅，允許同一法人的各分支機構匯總納稅。即一方作為收入，另一方作為費用，在匯總納稅時相互抵消，在稅前扣除沒有實際意義。
對企業之間支付的管理費，既有總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，也有獨立法人的母子公司等集團之間提供的管理費。由于新稅法采取法人所得稅，對總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，通過總分機構自動匯總得到解決。對屬于不同獨立法人的母子公司之間，確實發生提供管理服務的管理費，應按照獨立企業之間公平交易原則確定管理服務的價格，作為企業正常的勞務費用進行稅務處理。實施條例規定，企業接受關聯方提供的管理或其他形式的服務，按照獨立交易原則支付的有關費用，準予扣除，不得再采用分攤管理費用的方式在稅前扣除。
