為了調動高校下屬各院系教學科研的主動性，適時改革高校由校集中管理經費的做法，轉變為院系分級管理是一種新經費管理模式的探索。
現階段，高校在探索經費分級管理主要存在的問題有：沒有完善的校院系經費管理制度，造成無規可依；財政權力重心仍然在校本級，院系財權不夠。
高校院系經費分層管理的措施
（一）建立健全院系經費分層管理的財務制度
健全的院系經費財務管理制度是順利開展院系各項工作的有力保障。高校應以國家財經法規和高校財務制度為指導，以學校的財務規章制度為依據，結合院系經費管理的特點和實際情況，分層次建立相應的院系經費財務管理制度。
首先，高校財務部門應從財務管理的職能、權利和義務方面明確院系的職責。其次，財務部門根據院系管理的特性，制定出一套操作性強的財務管理辦法，對院系經費進行有效管理和監督。（1）制定院系經費核撥與管理辦法。學校根據總體財力，結合院系應完成的工作任務，將經費按一定標準核撥給各院系，形成院系財力。它不僅僅影響各院系控制的經費總量，而且還可以通過改變經費的投入取向，來引導院系的發展。學校對院系經費的核撥，既要考慮各院系的共性，又要考慮個別院系的特殊性；既要保證院系的基本運行，又要滿足院系重點工作和發展建設的需要。學校可以借助院系經費中科研經費、專項經費的分配，來彌補由于各院系辦學特色引起的教學經費不平衡，同時實現對院系發展的調控和引導。因此，建立科學的院系經費核撥與管理辦法，可以實現財力資源在學校與院系之間，以及不同院系之間的合理分配。學校根據各院系承擔的教學任務，把院系經費核撥的范圍確定為教學經費、專項經費、科研經費、學生經費、黨建經費等。院系經費核撥的標準：教學經費、學生經費、黨建經費依照教職工和學生人數乘以定額為基礎來計算經費，目的在于保證院系的基本運行和教學任務。專項經費按照不同層次的重點學科為標準配置經費。科研經費則按照學校科研經費管理辦法中的科研工作量所規定標準配套相應經費。學校財務部門完成經費核撥后，院系依據下達的經費指標和教學工作實際，按財務部門設定的分層預算目錄，編制院系經費預算。院系經費預算需經本院系黨政聯席會研究通過并聯簽，報財務部門實施。財務部門通過預算指標對院系經費進行全面控制與監督。（2）制定院系經費支出審批辦法。院系在學校總體預算管理的框架下編制本部門收支預算，自主安排和使用經費。為進一步規范院系經費支出審批行為，堅持權、責、利相結合，財權與事權相統一的原則，學校財務部門應結合院系的實際工作特點，制定配套的院系經費支出審批辦法，嚴格審批程序和審批權限。隨著學校財權下放，院系經費管理重心下移、自我約束的審批權限隨之下放。院系經費支出審批辦法要求，下放審批權至院系負責人，執行“一支筆”審批制度。本著“誰簽批、誰負責”的原則，院系負責人簽批院系的各類經費，并對所簽批的支出事項負責。同時按照“三重一大”制度規定，5 000元以上經費支出應履行集體決策的程序，實行聯簽制度。
院系經費支出審批制度的重大改變，院系經費簽批程序多、報賬難的問題，簡化了財務審簽程序。只要在院系經費預算范圍內的支出，只須院系負責人簽批就能到財務部門報銷，解決了財務部門院系經費管理的控制問題，同時也大大緩解了院系人員找校領導審批的局面。
（二）建立院系經費分層管理的財務核算體系
原有的財務管理模式已不能適應以院系為管理實體的發展需要，財務部門應建立分層管理的財務核算體系，創新院系經費管理模式。
院系經費分層管理的財務核算體系具體的建賬思路是：財務部門在年初建立財務核算體系項目控制賬時，首先，應設立好院系經費分層管理的賬套，在財務核算體系中針對每一個院系分設三層項目明細代碼。以我校文學院為例，賬套的設置為：第一層代碼設定為文學院；第二層代碼為教學經費、學科建設經費、科研經費、學生經費、黨建經費等；第三層代碼針對第二層代碼中的各項經費進行了明細分類。其中教學經費分為：業務費、實習費、實驗實踐費、師訓會議費、設備維修費、資料室建設費；學科建設經費分為文獻資料、實驗室建設、學科人才建設、學術交流成果、課題申報論證、日常管理費、接待費；科研經費為文學院所屬教師的每一項具體的科研項目；學生經費分為學生的獎助學金、學生活動經費；黨建經費包括基本經費等。其次，院系經費預算指標應下達到最底層，即第三層項目明細代碼中。由第三層項目代碼來控制預算經費的使用情況。每年初財務部門會根據學校的總預算下達文學院的全年經費預算總額。文學院的經費預算包括收入、支出兩部分。收入預算主要根據學校分配的教學定額經費和學科、科研等專項經費編制；支出預算按照院系經費分層管理設立的三層明細代碼編制。對于收入預算，文學院要隨時關注收入的完成情況，以確保收入的及時到位；對于支出預算，文學院要做到總體管理，明細控制，不允許經費間的相互擠占。預算編制完成需經院系黨政聯席會研究通過，并報校級主管領導審批，財務部門再根據領導審核過的文學院預算分層次上預算指標執行。當文學院的工作人員辦理報銷業務時，財務核算人員僅對文學院負責人簽批的原始票據的支出方向進行核對。票據核實無誤財務核算人員錄入會計記賬憑證，當第三層代碼中的任意一個代碼所報銷的總金額超過預算指標時，財務核算系統會自動提示經費已超支，不予通過并顯示停止經費使用；如果經費未超支系統會自動記賬完成報銷手續。財務核算系統中，文學院的每一個項目經費明細結余或超支一清二楚。
建立院系經費多層管理財務核算體系，既可以改變當前財務集中管理模式中經費支出隨意、支出結構不合理的現狀，又有利于加強財務預算的約束力，嚴格控制院系經費的支出方向、范圍，同時解決了院系經費執行不力的問題。
（三）建立院系經費決算監督機制
年度終了，各院系應對年度經費劃撥、使用、結余情況進行決算，并把經費決算情況報告向院系黨政聯席會匯報，同時報財務部門備案。對于超支或結余的各項經費，院系應結合工作實際認真分析找出原因，提出預算改進措施和調整的建議。財務部門要轉變工作思路，調整工作職能，將工作的重點放在對院系經費的核算和監督管理上。不斷探索提高院系經費管理水平的途徑，從而實現院系經費財務監督的動態化和準確化。
