由于經營活動的需要，有些公司需要設立許多分支機構，這些分支機構不具有獨立法人資格。公司的貨物經常在各機構之間進行調撥，機構之間轉移貨物需要分以下幾種情況分別進行會計處理。
一、總分機構實行統一核算
統一核算是指把整個公司作為一個會計主體，由總公司進行統一的會計核算，各分公司不再設置對外賬目。《增值稅一般納稅人資格認定管理辦法》規定，一般納稅人必須能夠按照國家統一的會計制度規定設置賬簿，根據合法、有效憑證進行會計核算，能夠提供準確的稅務資料。《增值稅暫行條例》規定，總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自機構所在地主管稅務機關申報納稅；經國家稅務總局或其授權的稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地主管稅務機關申報納稅。結合以上兩條規定可判斷，總分機構如果實行統一核算的話，一般都應屬于小規模納稅人。因為如果總分機構都是一般納稅人，則必須獨立核算；而如果總機構是一般納稅人，分支機構一般也都會申請一般納稅人資格，否則機構之間轉移貨物不能抵稅反而會加大公司的稅務負擔。
（一）各機構之間轉移的貨物用于銷售
1.在不同縣（市）的機構之間轉移貨物。《增值稅暫行條例實施細則》規定：設有兩個以上機構并實行統一核算的納稅人，將貨物從一個機構移送其他機構用于銷售的，應當視同銷售貨物，但相關機構設在同一縣（市）的除外。照此規定，機構之間轉移用于銷售的一般商品，送貨方在貨物移送的當天發生了增值稅納稅義務。但該移送行為僅僅是視同銷售，不符合確認收入的條件，所以公司不計收入而是增加收貨方庫存成本，須等到收貨方將該貨物出售時再確認收入的實現。
例1：A公司屬于增值稅小規模納稅人，下設A1和A2兩個分公司，實行統一核算。8月15日，A公司移送甲產品100件到A1公司用于銷售。甲產品的成本為100元，市場價格為206元。該貨物應交增值稅額為20 600÷1.03×3%=600（元）。會計分錄如下：
（1）A移送貨物：
借：庫存商品——甲（A1） 10 600
貸：庫存商品——甲（A） 10 000
應交稅費——應交增值稅 600
（2）A1銷售貨物：
借：銀行存款 20 600
貸：主營業務收入 20 000
應交稅費——應交增值稅 600
借：主營業務成本 10 600
貸：庫存商品——甲（A1） 10 600
2.在屬于同一縣（市）的機構之間轉移貨物。《增值稅暫行條例實施細則》規定，在屬于同一縣（市）的機構之間轉移貨物不得視同銷售，不發生增值稅納稅義務。例1中，若A1和A在同一縣（市），則會計分錄如下：
借：庫存商品——甲（A1） 10 000
貸：庫存商品——甲（A） 10 000
（二）機構之間轉移的貨物非用于銷售
根據《增值稅暫行條例實施細則》的規定，若機構之間轉移的貨物不是用于銷售，則無論各機構是否屬于同一縣市均不發生增值稅納稅義務。而該種情況下的貨物轉移是否需進行會計處理，要看公司具體資產的管理要求來確定。
例2：A公司將賬面價值10萬元的一臺機器轉移給A1使用，公司實行統一核算，對固定資產按照使用單位設置明細賬，會計分錄如下：
借：固定資產——A1 100 000
貸：固定資產——A 100 000
若A公司對固定資產不要求按使用單位設置明細賬，則該資產的轉移不用做賬。
二、總分機構實行獨立核算
獨立核算是指各機構均設置獨立賬目，獨立核算盈虧。此時各機構之間轉移貨物，無論各機構是否在同一縣（市），也不論轉移的貨物是用于銷售的一般商品，還是固定資產，都要視同銷售，按照一般企業之間的交易進行相應的會計處理。
例3：A公司為增值稅一般納稅人，主要生產和銷售甲產品，甲產品成本價為100元/件，批發價為110元/件，零售價為200元/件。A的分支機構A1也是一般納稅人，A將100件甲產品按110元/件的價格移送至A1用于銷售。以上價格均為不含稅價。會計分錄如下：
（1）A的會計處理：
A發出貨物時：
借：應收賬款 12 870
貸：主營業務收入 11 000
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 1 870
A收到A1轉來的銷貨款時：
借：銀行存款 12 870
貸：應收賬款 12 870
（2）A1的會計處理：
A1接受貨物時：
借：庫存商品 11 000
應交稅費——應交增值稅（進項稅額） 1 870
貸：應付賬款 12 870
A1銷售貨物時：
借：銀行存款 23 400
貸：主營業務收入 20 000
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 3 400
例4：上例中如果A公司按賬面凈值將一臺機床調撥A1使用，該機床賬面原值10萬元，已提折舊2萬元。該機床系2009年1月1日以后購進，已抵扣進項稅。會計分錄如下：
（1）A的會計處理：
借：固定資產清理 80 000
累計折舊 20 000
貸：固定資產 100 000
借：固定資產清理 13 600
貸：應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 13 600
借：銀行存款 93 600
貸：固定資產清理 93 600
（2）A1的會計處理：
借：固定資產 80 000
應交稅費——應交增值稅（進項稅額） 13 600
貸：銀行存款 93 600
有時總分機構之間轉移貨物系無償調撥，不發生款項收付，這種情況應視同機構之間的相互捐贈，調撥方計入“營業外支出”，接收方計入“營業外收入”即可。而統一核算情況下，各機構都是一套賬目，不存在無償調撥的問題。S
