連鎖企業的成本管理主要是通過商品毛利率、費用開支標準及范圍、銷售費用率三大指標進行控制。由總部統一進行成本核算，統一管理。
成本管理的具體內容是：
1.總部要嚴格控制自身的費用開支（如宣傳廣告費、人工費以及其它費用開支等）。
2.總部統一整個企業的資產折舊，統一支付貸款利息。
3.總部對各店鋪基本上采用先進先出法按商品大類計算毛利率；一些規模小的連鎖企業也可以過渡性的采用混合平均法或加權平均法計算商品的毛利率。
4.總部要建立毛利率預算計劃管理，對店鋪實行計劃控制。總部對各店鋪的綜合毛利率進行定期考核，對影響效益大的骨干商品的毛利率進行重點考核。
對達不到總部毛利率預算計劃的店鋪，總部要建立督導制度，幫助其分析影響毛利率的原因，并及時作出店堂布局、品種結構和商品價格等方面的調整。
5.總部規定各店鋪的費用細目范圍及開支標準，原則上不允許隨意擴大和超標。
6.總部對一些費用（如水電費、包裝費等）要進行分解，盡量劃細到各店鋪和商品大類。能直接認定到各店鋪和商品大類的，要直接認定；不能直接認定到各店鋪和商品大類的，可參考各店鋪占企業工資總額的比例、資產的比例或按各店鋪的人數、經營面積分攤到店鋪和商品大類。
7.總部對各店鋪的費用通過下達銷售費用率進行總體控制，要建立費用率預算計劃管理。各店鋪的直接費用（如業務招待費、人工費等）要同店長的利益直接掛鉤。對達不到預算計劃的店鋪，總部通過督導制度，幫助其分析造成費用增長，費用率上升的原因，并提出調整改進措施。
一般情況下，每個店鋪在開張初期的銷售費用率可能會高一些，應盡快通過加強管理使之降到企業平均、合理的水平。
三.工資獎金和獎罰管理。
連鎖企業對職工工資、獎金的分配辦法應在現行的分配政策法規下，結合連鎖經營的特點和企業的實際情況，本著調動職工積極性的合理分配原則制定。
實行提成工資制的店鋪，其提成比例應根據各店鋪的實際情況確定。可以按店鋪的銷售額確定工資獎金提取比例，實行百元銷售工資獎金含量提成；也可以按店鋪實現的利稅確定工資獎金提取比例，實行百元利稅工資獎金含量提成。總部有權根據各店鋪客觀條件的優劣對其工資提取比例進行調整。
為了保證企業職工的基本收入，可由總部規定職工的月基本工資，月提成工資低于職工基本工資的，其差額部分由總部負責補足。
總部的管理人員和各店鋪店長的工資，按各自職位由總部確定其基本工資，根據不同月份的效益情況確定獎金；對部分崗位的管理人員可實行津貼管理的辦法。
連鎖企業雇用臨時工人，其工資發放辦法由總部自定。
各項獎罰規定由財務部門根據不同崗位人員的職責、業績、過失等因素制定。
