為了進一步規范公立醫院的會計核算，提高醫院會計信息質量，財政部于2009年8月公布了《醫院會計制度》(征求意見稿)(以下簡稱新制度)，對現行制度進行了全面修訂，以便更好地配合醫療體制改革。
一、新制度主要變化
與現行制度相比，新制度的主要變化包括以下幾方面：(1)新增了與國庫集中支付、政府收支分類、部門預算、工資津補貼、國有資產管理等財政改革相關的會計核算內容；(2)為真實反映資產價值、合理確定醫療成本，規定計提固定資產折舊，折舊額分期計入相關成本費用；(3)為解決現行制度下醫院醫療和藥品收支不配比、成本核算體系不健全、科研教學經費核算混亂等問題，借鑒國際慣例，合并了醫療、藥品收支核算，規定管理費用不再分攤，完善了自制藥品和材料成本核算，明確了科教收支會計處理；(4)為兼顧預算管理需要，規定通過專設預算會計科目或采用備查簿方式提供預算會計信息；(5)將原來的“收入支出總表”改為“收入費用表”，增加了“現金流量表”、“預算收支表”、“基建投資表”及報表附注，進一步完善了報表體系。
二、制度總說明部分變化
(1)核算基礎：現行制度規定“醫院的會計核算除采用權責發生制外，均按照《事業單位會計準則》規定的一般原則和本制度的要求進行”，而在新制度中規定“醫院會計核算以權責發生制為基礎”。(2)提出了會計要素的概念“醫院會計要素包括資產、負債、凈資產、收入和費用”。(3)明細科目設置變化：新制度沒有如現行制度一樣規定“醫院對明細科目的設置可自行規定”，而是籠統地規定“在不影響會計核算要求和財務報表指標匯總，以及對外提供統一的財務報表的前提下，可以根據實際情況和需要自行增設、減少或合并某些會計科目，以及自行設置本制度規定之外的明細科目”。(4)報表種類的增減：刪除了“基金變動表”，增加了“現金流量表”、“預算收支表”，“基建投資表”。(5)制度修訂與解釋部門：現行制度由財政部與衛生部共同解釋并修訂，而新制度中衛生部并無對本制度解釋與修訂。
三、會計科目變化
會計科目設置方面。(1)編碼規則：會計科目編碼規則由“3-3-3”變為“4-2-2”。(2)科目數量：現行制度會計科目為43個總賬科目，新制度為57個總賬科目及4個預算會計科目。變動如表1。
會計科目核算內容方面。(1)銀行存款：明確存入其他金融機構的款項也納入本科目核算；列舉外幣購入設備及物資、外幣兌換、期末外幣賬戶折算時的會計處理方法。
(2)其他貨幣資金：除保留現行制度中的外埠存款、銀行匯票存款外，增加了銀行本票存款、信用卡存款、信用證保證金存款，刪除了在途資金的表述。
(3)應收在院病人醫療款：明確了各類醫保病人在結算時會計處理：“結轉住院病人自負部分以外的應收醫療款或結轉病人結算欠費，按應收病人醫療款總額中扣除病人自負部分以外的金額或病人結算欠費金額，借記‘應收醫療款’科目，貸記本科目”。
(4)應收醫療款：核算內容除了門診病人和住院病人外，新增了“醫療保險機構”。
(5)其他應收款：核算內容新增了“應向職工收取的各種墊付款項、應收利息、應收利潤等”，主要是因為核算長期投資的需要。但“到期一次還本付息的長期債券投資應收取的利息”除外。
(6)壞賬準備：除了定期對應收醫療款計提準備外，新制度對其他應收款也要求計提準備。對壞賬準備計提方法、計提周期、核銷審批等做出了明確規定。
(7)藥品：醫院購入藥品由按售價核算改為按進價核算；明確接受捐贈的藥品在“其他收入”中核算；醫院在發出藥品時明確按“個別計價法”確定發出藥品的實際成本；明確了自制或委托加工藥品成本的范圍。
(8)庫存物資：新制度要求對高值耗材專門設置二級明細科目進行核算；對外購的其他材料、低值易耗品、自制或委托加工的低值易耗品或材料，明確了成本范圍；明確接受捐贈的庫存物資在“其他收入”中核算；明確基建工程中“購入的可直接使用的達不到固定資產標準的工具、器具，應當于基建工程完工交付使用時，按照工器具采購成本”在本科目中核算；規定了“庫存物資在發出時，應當根據不同類別物資的實際情況采用個別計價法、先進先出法或者加權平均法，確定發出物資的實際成本”；規定了醫院對外出售衛生材料要按實際成本沖減醫療成本。
(9)委托加工物資：核算醫院委托外單位加工的各種藥品、衛生材料等物資的實際成本。醫院自制的藥品與衛生材料的生產成本通過生產成本科目核算。
(10)待攤費用：新增規定“如果某項待攤費用已經不能使醫院受益，應當將其攤余價值一次全部轉入當期費用”，與“長期待攤費用”的劃分標準是受益期限是否超過一年。
(11)長期股權投資：明確股權與投出資產之間的差額通過“其他收入”或“其他費用”核算；應收股利或處置股權時的收益通過“其他業務收入――投資收益”進行核算。
(12)固定資產：不再進行通用設備與專用設備的入賬標準劃分；統一定義為“指醫院持有的預計使用年限超過1年、單位價值在2000元以上、在使用過程中基本保持原有物質形態的有形資產”；規定醫院“根據固定資產定義，結合本單位的具體情況，制定適合于本單位的固定資產目錄、分類方法以及每類或每項固定資產的折舊年限、折舊方法，作為進行固定資產核算的依據”；明確經營租人與融資租入固定資產的會計處理方法；明確無償調入及接受捐贈在“其他收入”中核算；明確基建工程中的建筑安裝投資、待攤投資、設備(區分是否需要安裝)、直接購入現成房屋的會計處理方法；區分了固定資產更新改造與正常維護的不同會計處理方法。
(13)在建工程：核算內容是指“醫院的非基建項目資金進行建筑工程、設備安裝等發生的實際支出”。
(14)無形資產：明確了無形資產的定義“醫院為開展醫療活動、出租給他人或為管理目的而持有的且沒有實物形態的非貨幣性長期資產，包括專利權、非專利技術、商標權、著作權、土地使用權等”，商譽不再屬于無形資產。規定了無形資產的入賬方式及累計攤銷的會計處理。
(15)應付賬款：規定“醫院為在建工程和基建工程項目與施工企業結算發生的應付工程款，也在本科目核算”；核銷的應付賬款計入“其他收入”。
(16)其他應付款：調整了核算內容：現行制度列舉的“代扣代交的住房公積金、個人所得稅等”被刪除，新制度列舉的是“應付經營租入固定資產的租金、存入保證金等”。
(17)專用基金：調整了核算內容：現行制度中核算包括修購基金、職工福利基金、住房基金、留本基金等各種專用基金，新制度中僅“核算醫院按規定設置、提取的具有專門用途的凈資產，如留本基金等”，但也提到了可以“按規定提取其他基金”。
(18)財政補助收入：核算內容新增“科研補助”、“教學補助”。
(19)醫療收入：將“藥品收入”作為其明細科目核算；明確收入確認的條件是“在已提供醫療服務(包括已發出藥品)同時收訖價款，或者已提供醫療服務并預計很可能收到醫療款項時，按照規定的醫療收費標準計算的金額確認入賬”。
(20)其他收入：核算內容減少為“如財產物資盤盈、捐贈收入、確實無法支付的應付款項等”的收入。
(21)管理費用：將現行制度核算內容中的“借款利息(利息支出減利息收入)、匯兌損益以及相關的手續費等”調整到“財務費用”科目中核算，管理費用每期不再分攤。
(22)其他費用：將現行制度中的其他支出科目的核算內容納入到該科目核算，如“財產物資盤虧、毀損損失，捐贈支出”等。
