系統集成就是通過結構化的綜合布線系統和計算機網絡技術，將各個分離的設備、功能和信息等集成到相互關聯的、統一和協調的系統之中，使資源達到充分共享，實現集中、高效、便利的管理。系統集成應采用功能集成、網絡集成、軟件界面集成等多種集成技術。系統集成實現的關鍵在于解決系統之間的互連和互操作性問題，它是一個多廠商、多協議和面向各種應用的體系結構。這需要解決各類設備、子系統間的接口、協議、系統平臺、應用軟件等與子系統、建筑環境、施工配合、組織管理和人員配備相關的一切面向集成的問題。作為一種新興的服務方式，我國的稅法并沒有對其應繳納增值稅還是營業稅做出明確規定，所以只能根據現有稅收法律體系中的一些規定來進行相關稅務處理。
系統集成業務有幾種情形，每一種不同的情況需要進行不同的稅務處理。
第一種是純軟件開發或者銷售，如果該軟件的著作權沒有轉移，則根據《關于軟件產品增值稅政策的通知財稅[2011]100號》文件中 “增值稅一般納稅人銷售其自行開發生產的軟件產品，按17%稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行即征即退政策”的要求繳納增值稅。如果所開發軟件的著作權屬于委托方或者雙方共有的，則根據《關于軟件產品增值稅政策的通知財稅[2011]100號》文件中 “納稅人受托開發軟件產品，著作權屬于受托方的征收增值稅，著作權屬于委托方或屬于雙方共同擁有的不征收增值稅；對經過國家版權局注冊登記，納稅人在銷售時一并轉讓著作權、所有權的，不征收增值稅”的要求不繳納增值稅，繳納營業稅。同時，《關于貫徹落實<中共中央、國務院關于加強技術創新，發展高科技，實現產業化的決定>有關稅收問題的通知》(財稅字[1999]273號)文件明確規定“關于營業稅對單位和個人（包括外商投資企業、外商投資設立的研究開發中心、外國企業和外籍個人）從事技術轉讓、技術開發業務和與之相關的技術咨詢、技術服務業務取得的收入，免征營業稅”。所以，以技術開發的形式簽署合同，就可以消除相應稅負。
第二種是純粹的設備購銷業務同時附帶安裝調試，在這類業務中，設備銷售構成的業務的實質。如果設備是外購的，根據《增值稅暫行條例》及其實施細則，該種業務需要就其收到的所有價款征收增值稅；如果設備是企業自己生產的，根據《增值稅暫行條例》及其實施細則，只要企業滿足以下幾個條件：必須具備建設行政部門批準的建筑業施工（安裝）資質；簽訂建設工程施工總包或分包合同中單獨注明建筑業勞務價款。則對于設備部分征收增值稅，對于安裝調試等工程部分征收營業稅。如果項目的利潤率偏低，采用這種方式對于降低稅負是有利的。
第三種是成套的系統集成項目，項目中既包括相當部分的設備價款又包括大量的綜合布線工程價款。如果合同雙方簽訂的是工程合同，則根據《營業稅暫行條例》的規定，建筑業營業稅是指對我國境內提供應稅建筑勞務而就其營業額征收的一種流轉稅。這里的建筑業是指建筑安裝工程業，包括建筑、安裝、修繕、裝飾和其他工程作業。根據《營業稅暫行條例實施細則》第十六條的規定，納稅人提供建筑業勞務（不含裝飾勞務）的，其營業額應當包括工程所用原材料、設備及其他物資和動力價款在內，但不包括建設方提供的設備的價款。所以，納稅人應當按照合同額全額繳納營業稅。在實務中，如果將一份合同簽成兩份合同，即設備部分簽訂設備銷售合同，而工程部分簽成建筑安裝工程合同，減少設備銷售部分的利潤，將利潤留在工程部分，這樣就可以減少稅負。或者系統集成企業在從事安裝工程作業時，不將設備價值作為安裝工程產值，可由建設單位提供機器設備，建筑安裝企業只負責安裝，取得的只是安裝費收入，使其營業額中不包括所安裝設備的價款，也可以達到節稅的目的。
下面舉例來說明該籌劃的可行性。假設公司以建筑項目勞務為主營業務，一項目合同額為100萬元，其中設備部分70萬元，假設硬設備部分的成本為50萬元，安裝費部分30萬元沒有進行納稅籌劃，則該項合同應繳營業稅為100×3%=3萬元。如果硬件部分由建設單位提供同時改變設備部分和安裝部分的比例，即安裝費單獨做為合同項目，合同額50萬元，則應繳納營業稅為50×3%=1.5萬元。若該公司簽署了單項的設備銷售合同，則該項目應繳納稅金為50÷1.17×0.17=7.26萬元。可以看出，對于該公司的情況，該項目的應納稅金在1.5萬元到7.26萬元之間。簽署好對應的合同即可降低稅收成本。
若該公司設以備銷售為主營業務，若未按照設備部分和安裝部分分別簽訂合同，則該公司應繳納稅金7.26萬元。若分別簽訂合同，則最低應繳納稅金為1.5萬元。
若建設方不同意簽訂兩份合同，也不同意由其提供設備部分，則根據測算，整體項目利潤率如果大于20.65%，營業稅的稅負相對較低。若利潤率小于20.65%，增值稅的稅負較低。
綜上所述，系統集成業務的納稅籌劃應從合同管理入手，在合同簽訂前仔細分析相關信息，計算出整個項目的利潤等情況根據實際情況簽訂不同形式的合同，這樣就可以降低稅務風險，減少稅務成本。
