內部控制理論是現代管理理論的重要組成部分，是在實踐中產生和發展起來的。它是強調預防為主，目的通過建立完善制度和措施防止舞弊想象和錯誤的發生。近幾年,國內外財務丑聞的頻頻爆發更加顯現出內部控制在事業單位日常經營管理中的重大作用。我國事業單位已逐步實行政府采購,財政直接支付工資,國庫集中支付等一系列財政支出改革,有效地解決了財政支出中存在的問題,取得了一定成效。
一、目前我國事業單位內部控制存在的問題
事業單位內部控制制度總的來說還是比較好的，但目前還存在著一些問題，具體表現在以下幾個方面：
(一)經費支出缺乏有效控制
事業單位經費支出主要包括:招待費、會議費、差旅費、辦公費等缺乏嚴格的內部控制標準，即使有控制標準，實際報銷也沒按照控制標準，較多實行實報實銷制。
(二)固定資產控制薄弱
由于實行政府集中采購，事業單位固定資產購置得到了有效控制，但固定資產在使用中缺乏相關的內部控制，重購輕管現象普遍存在，對固定資產沒有進行定期盤點。還有的固定資產沒有及時入賬、沒有做到專人專管，責任明確等，導致固定資產賬實不符，固定資產流失。
(三)崗位設置不合理
由于多種原因，一些事業單位崗位設置不合理，存在一人多崗，不相容職務沒有分離現象，表面上每個人都有分工，但實際操作時卻由一兩個人辦理，出現上有政策下有對策現象，導致管理上的漏洞。
(四)財務會計管理工作相對薄弱
會計部門僅限于記賬、算賬、報賬等，未能對具體的業務部門實行財務監管，票據管理不到位，沒有及時進行票據的繳銷。收入沒有及時入賬，私自挪用公款，業務部門存在收入不入賬，私設“小金庫”等現象。
二、保證事業單位內部控制健康運行的控制措施
(一)增強會計基礎工作
事業單位做好會計基礎工作可以從以下幾個方面做起:一，事業單位應當依法設置會計機構，配備會計從業人員，要求單位全面梳理業務流程中涉及到的不相容職務，實施相應的分離措施，形成各司其職，各負其責，相互制約的工作機制。確保崗位設置的科學性和合理性，根據本單位的實際需要來設置崗位，實現人員與工作崗位之間的匹配。同時要嚴格履行會計人員定期輪崗制度；二，事業單位嚴格執行國家統一的會計準則制度，加強會計基礎工作，保證會計憑證、會計賬簿和會計報表等會計數據的真實性、準確性。三，避免會計工作手續不嚴與職責不清現象發生，堅持不相容職務相互分離，做到相
互制約，相互監督，減少錯誤和舞弊現象的發生，真正做到防患于未然。
(二)營造內控氛圍，保證內部控制有效實施
任何事業單位的控制活動都存在一定的控制環境當中，控制環境的好壞直接影響事業單位的內部控制。因此，建立和實施內部控制要求事業單位的全體人員上下協同，任何人不得凌駕于內部控制制度之上，負責人要以身作則，并傳達給全體員工。同時事業單位內部控制的關鍵在于財會人員素質的高低，其素質控制的目的在于保證財會人員具有高度的忠誠度和高效的工作能力從而可以保證內部控制有效實施。建立一支高素質的財會隊伍是內部控制制度有效執行的重要保證。首先，進一步完善財會人員的選拔制度，根據單位實際情況和內部控制工作的需要設置一些必要的工作崗位，進而根據崗位需求來選拔一些合適的優秀人員。要提高財會人員的任用標準，財會人員除了要具備扎實的理論基礎外，還要具備從事內部控制工作的實踐經驗，了解事業單位內部控制方面的關鍵環節和薄弱方面。其次，注重財會工作人員的后續培訓工作，單位要定期對財會人員進行培訓學習，在日常工作中加強宣傳創造良好的內部控制氛圍。
(三)建立有效的監控手段
事業單位應當設置專業的內部監督部門，并給予它們一定的權利并獨立地行使職權，全面公正地對各業務部門行使監督權，采取定期不定期的加強監督單位內部的各項規定的落實和執行情況，了解執行中存在的問題，同時進行相應的獎懲提高內控監督力度。首先，建立對外公開制度，鑒于事業單位的特殊性，對于監督中存在的問題及時上報領導層，及時作出決策，讓每位干部知曉單位的一些應該公開的信息，主動接受干部的監督。其次，要積極發揮財政與審計部門作用，對審計部門在審計中發現的內部控制缺陷積極整改，完善單位內部控制體系。同時財政部門要加強對事業單位內部控制制度建設的組織與指導，設置專職人員負責內部控制的具體事宜，并且要對內部控制劃撥專項經費，提供相應的資金支持。
隨著日趨激烈的市場競爭環境，事業單位要立足自身生存和發展的實際，建立和健全內部控制體系，選擇適合自身發展的內控模式，確保事業單位內部控制健康運行。實現事業單位科學管理，安全經營，始終保持強勁的發展勢頭。
