在大型基建工程項目的建設中，如何提高醫院資金的效益，是擺在醫院內審人員面前值得思考的問題。實踐證明，跟蹤審計全過程參與項目建設，全面了解項目決策和實施情況，及時實施監督和制約，避免造成一些無法挽回的損失，能及時發揮效益審計的“效益”。在跟蹤審計過程中，關鍵要做好以下幾個方面的工作：
一、 不斷提高內審跟蹤審計人員的專業水平和業務素質
由于跟蹤審計對工程項目實行了全過程的造價控制，審計的內容大大超出了傳統結算審計的范圍，時間跨度長，協調環節多，審計風險大，沒有相應的技術手段和人員素質作保障，就難以達到理想的審計效果。這就對跟蹤審計人員的專業素質和綜合能力提出了較高的要求。首先應當具備相關的專業素質，熟悉施工作業程序，掌握工程項目投資、進度、質量控制的內容和方法。其次，在審計手段方面，要能熟煉應用計算機技術和審計軟件，從而進一步提高工作效率和把握審計質量。因此，從事跟蹤審計人員要不斷地在原有知識儲備的基礎上，學習和掌握如基建施工技術、項目管理、工程定額、工程（預）結算軟件的應用等方面的新的知識和方法，提升審計技能和個人素質。
二、把握跟蹤審計的重點
跟蹤審計的實施過程與施工過程同步進行。施工過程是動態的，并且施工往往是立體交叉式推進，即同時有若干個單位工程的多個分部分項工程在施工，而通常情況下施工過程跟蹤審計又不能影響施工進展。因此，要把握好跟蹤審計的重點：
(1)土、石方工程重點是基槽、基坑開挖及支撐方式；土壤及巖石類別；排水、降水措施及時間；土方填、挖區土方的調配方向、數量、運距。
(2)樁基礎工程跟蹤審計的重點為樁的型號、長度、根數、接樁的數量以及打基樁的方式，如是人工樁還是機樁都有很大的區別，造價費用也是有很大差別的。
(3)砌筑工程跟蹤審計的重點為磚砌體砌筑、墻體厚度、砂漿的強度是否達到設計要求等。
(4)鋼筋工程重點是鋼筋的種類、規格，鋼筋的位置、布置間距等是否符合設計圖紙要求。
(5)混凝土工程重點是混凝土的強度等級、混凝土澆注截面及厚度是否符合設計圖紙要求，對造價的影響等。
(6)屋面防水及保溫隔熱工程重點是防水、隔熱材料的選用、厚度以及施工工序是否按照設計圖紙的要求。
(7)樓地面工程重點是墊層材料的種類、厚度，找平層、面層的厚度等。
(8)水電安裝工程重點是配管、配線和給排水的管材材質、規格、敷設方式等是否符合設計圖紙的要求。
(9)裝飾裝修工程重點是工程量清單、裝飾裝修的尺寸、材料以及施工工序、工藝等是否符合設計圖紙和合同的要求。比如在地板磚（或地板膠）、天花鋁扣板等材料的選用上，不同的品牌、等級其造價就有很大的差別。
(10)工程計量（價）簽證單的重點是設計變更的原因、變更的數量以及對造價的影響。如對變更（或增加）的工程量要和現場施工代表、監理一起進行現場測量計量，工程造價要進行市場調查和咨詢相關工程造價咨詢公司后方可簽字。
三、聘請社會中介機構把關，降低內部審計風險
由于醫院內部審計機構在目前的情況下不可能配備很多方面的專業人才，而大多數內審人員又存在土建、安裝、水電、智能化、園林等方面專業的極限性，因此，有必要聘請社會中介機構把關，他們各方面專業人才的配備比較齊全，力量比較雄厚，一方面可以解決內審機構和內審人員的極限性和培訓提高內審人員的業務素質，另一方面可以降低內部審計風險。
四、搞好跟蹤審計的協作配合
正確處理好跟蹤審計與相關單位的協同關系，跟蹤審計的作用能不能充分發揮，除了技術性因素以外，主要還取決于建設單位、施工單位的態度和監理單位的配合。在跟蹤審計過程中，既要樹立內部審計的權威性和嚴肅性，又要正確處理好參與工程建設與監督各方的關系，使監理單位、施工單位、建設單位的相關管理人員要積極配合、理解和支持審計工作，確保跟蹤審計各項工作的順利開展和達到跟蹤審計的目的。
五、合理制定跟蹤審計的費用
目前在工程項目的跟蹤審計上，除了內審人員參與跟蹤審計外，往往需要社會中介機構的參與協審。但作為中介機構而言，其取費考慮的僅是兩個因素：勞動投入和審減金額，并根據基本審核費加審減額比例提成的方式計費。于是矛盾點就會集中在跟蹤審計工作做得越好，過程問題解決得越多，最后竣工結(決)算時審減收費就越少。因此，跟蹤審計的取費不能僅僅只看審減額，可考慮在工程跟蹤審計過程中所解決問題的效果（如材料價格咨詢、單項工程造價咨詢與核定、隱蔽工程簽證等方面服務的效益）按比例給予提取審計費。
