1 目前醫院內部會計控制中存在的主要問題
第一、內部會計控制的意識薄弱。
控制意識是醫院內部會計控制的關鍵，是會計控制的得以健全和實施的基礎性保證，面前有些單位沒有內部會計控制的意識，或者有意識和制度但不重視，導致有制度沒有執行，其作用只是為了應付上級單位的檢查走過場，使得內部會計控制沒有發揮應有的作用。
第二、內部會計控制制度不完善。
在提高內部會計控制的意識的基礎上我們要完善其制度。目前有些醫院的財務會計基礎工作仍較薄弱，還需要進一步的加強。有的單位沒有單獨制定內部的內部會計控制管理制度，管理的隨意性較大。有的單位缺乏明確的崗位責任制度，會計人員對于其所處崗位的職責內容不詳，由于職權不明確，責任不清楚，程序不規范，造成會計工作秩序混亂和財務管理失控。
第三、內部會計控制制度有效性不高。
在內部會計控制制度下執行情況不到位是其有效性不高的主要原因。很多案例表明，許多問題的發生并不是因為沒有制度，而是因為沒有嚴格執行制度。在制度和執行的實際情況發生矛盾的時候，制度往往得不到執行。久而久之會影響制度的嚴肅性和權威性。
2 加強醫院內部會計控制的措施
第一、增強內部控制意識。
按照《會計法》和《內部會計控制基本規范》的規定，單位負責人是單位財務與會計工作的第一責任主體，對本單位財務會計報告的真實性、完整性以及內部控制制度的合理性、有效性負主要責任。可以通過各級財政部門組織單位負責人進行培訓學習，以及各單位財務部門在日常工作中適時宣傳等多種形式，使單位負責人真正確立起對財務會計工作和內部控制制度建設的“第一責任主體”意識，重視內部會計控制制度建設，創造良好的內部控制環境。
第二、健全內部會計控制制度。
內部會計控制涉及到醫院內部的各個部門，貫穿于各項工作的全過程。通過建立和完善內部會計控制制度，加強對薄弱環節和重要崗位的控制，細化責任，做到制度管人，責任到人，形成一個相對完整，在內部控制方式、技術、手段等方面有章可循的內部會計控制體系；形成一個內部會計機構和崗位設置合理、職責權限劃分明確、不相容職務相互分離、各崗位之間相互制約、相互監督的完善的內部會計控制制度。
