一、醫院管理層重視是建立內部會計控制制度并有效運行的關鍵
醫院管理層在醫院內部會計控制制度運行中起著至關重要的作用，是醫院內部會計控制制度運行成敗的關鍵。《醫療機構財務會計內部控制規定(試行)》第三條要求：“醫療機構負責人對本單位財務會計內部控制制度的建立和有效實施負責”，由此明確了內部會計控制的責任人。
醫院管理層的管理理念和風格直接決定了一個醫院內部會計控制的受重視程度，以及可能采取的內部會計控制方式方法，它是控制環境中最基本、最重要的因素。醫院內部會計控制制度的建立、完善和有效執行等涉及機構設置、權責分配、人力資源政策、醫院文化、業務流程的設定和優化等方面，只有醫院管理層思想上重視內部會計控制，行動上帶頭嚴格執行內部會計控制制度，把自覺遵守、嚴格遵守內部會計控制制度作為提高醫院管理水平的重要任務來抓，作為事關醫院長遠發展的重要任務來抓，作為影響醫院全局工作的重要任務來抓，內部會計控制制度的建立、完善和有效實施才有可靠的保證。
二、醫院財務部門會計人員是內部會計控制制度的執行者
從會計的產生和發展過程來看，會計本身具有內部控制的作用，會計的反映和監督兩個職能中，監督職能體現了會計工作參與醫院管理進行內部控制的作用。從會計人員在醫院的地位來看，會計人員是最適合的內部控制執行者，會計工作是醫院內部經濟管理的中心環節，醫院的經濟業務都要經過會計環節轉換為會計信息，會計人員能夠全面地掌握醫院的各種經濟活動和財務狀況。《醫療機構財務會計內部控制規定(試行)》第三條規定了“醫療機構財務部門具體組織本單位財務會計內部控制制度的落實”，由此明確了財務部門是內部會計控制的組織和實施部門。
三、建立健全規范嚴謹的內部會計控制制度是內部會計控制實施的基礎
內部會計控制制度是醫院經營管理的基本制度之一，是衡量管理者、部門員工工作質量的尺度，也是考核醫院財務管理水平的重要標準，由此可見，建立和完善醫院內部會計控制制度是醫院管理的客觀需要。
從制度建設入手，按照《中華人民共和國會計法》、《內部會計控制規范》和《醫療機構財務會計內部控制規定(試行)》等法律法規，結合醫院的業務特點和實際情況，制定包括預算控制、收入控制、支出控制、貨幣資金控制、藥品及庫存物資控制、固定資產控制、工程項目控制、對外投資控制、債權債務控制、財務電子信息化控制等內部會計控制制度。把內部會計控制抽象性、要素性的方法和程序轉化為醫院財務管理制度中具體可操作的方法與程序。
通過建立規范嚴謹的內部會計控制制度來約束醫院內部涉及會計工作的所有人員及各項經濟業務，在內部會計控制制度面前人人平等，全體員工都應是內部會計控制制度的執行者和維護者，任何部門或個人都不得擁有超越內部會計控制的權力。
四、建立內部會計控制制度要選準關鍵控制環節和控制點
內部會計控制應對醫院經營管理的重要方面和重要環節實施全方位的控制，要建立一個能涵蓋醫院經營管理活動全過程的內部會計控制整體框架。同時，要明確控制的關鍵點，制定相應的控制措施。如對醫院收入的控制，重點把握好符合國家法律法規和政策規定，嚴禁設立“小金庫”、加強收費票據和退費管理，加強結算起止時間控制等。要根據醫院的實際情況，按照《醫療機構財務會計內部控制規定(試行)》規定的關鍵控制點制定業務處理的具體規則、程序和要求，健全崗位責任制，按崗位具有的特征確定操作規程，實現工作過程的標準化和制度化，用制度來約束員工的行為。
五、內部會計控制要體現崗位制約機制，明確不相容職務的相互分離
內部相互牽制是以事務分管為核心的自檢系統，通過職責分工和業務程序的適當安排，使各項業務活動能自動地被其他業務人員查證核對。內部牽制主要包括實物牽制、體制牽制、簿記牽制等。在內部會計控制的設計過程中，通常要做到在橫向關系上，一項業務至少要經過彼此不相隸屬的兩個或多個部門，以使每一部門的工作能夠接受另一部門的檢查和制約，通過交叉核對及時發現錯誤；在縱向關系上，一項業務至少也要經過上下級有關人員之手，以便上下級互相監督，促使上下級均能忠于職守。總之，財務管理工作不相容職務要相互分離、制約和監督，重要經濟事項不得由一個部門或一人辦理經濟活動的全過程。
六、建立健全員工選拔、培訓和教育制度，實行崗位定期輪換和強制休假
內部會計控制是由人制訂的，靠人去執行和完善的，既是對人的控制，又需要由人來控制，人既是內部會計控制的主體，也是內部會計控制的客體。再好的制度如果沒有高素質的人去執行也不會產生好的效果。醫院內部會計控制需要全體員工的廣泛參與，特別是關鍵崗位人員素質的高低與能力的強弱，對內部會計控制的效果會產生直接而重要的影響。
為了保證內部會計控制的有效運行，醫院需要制訂一個好的人力資源政策。一是要做好關鍵崗位人員的選拔任用，確保執行內部會計控制制度的員工具有正直品行和勝任能力；二是要注重對員工進行業務知識、技能的培訓和繼續教育，三是要加強道德觀、價值觀的教育，增強法律意識，提高自我約束能力；四是要有一個合理的考核晉升機制，員工的正直品行和勝任能力在一定程度上取決于醫院有關待遇、業績考評及晉升等政策的合理程度。五是對關鍵崗位人員實行定期輪換和強制休假制度，通過人員輪換，使后來者可以發現前一任存在的問題，從而在這一崗位上形成一種強有力的無形監督約束機制，督促各崗位人員按章操作。
