1994年稅制改革的重大意義在于：（1）初步理順了國家與企業的分配關系。稅制改革之前在國有企業盛行的“包稅制”，通過政府與企業一對一的談判，使分配關系極不穩固，效益好的企業，把上繳利潤的一頭包死了，國家財政收入不能隨企業效益提高而增加，效益差的企業則“包盈不包虧”，嚴重扭曲了稅制，特別是一些地方和企業實行投入產出總承包，還包了流轉稅，動搖了財政收入的根基。稅制改革則以法制為基礎，規范了國家與企業的稅收分配關系，促進了國有企業經營機制的轉換。（2）為實行分稅制創造了體制條件，進一步增強了中央財政實力。稅制是分稅制的基礎和重要組成部分，不建立健全稅制，就不可能進行分稅，因而不可能建立分稅制。通過稅制和分稅制改革的聯動推進，進一步理順了中央與地方的分配關系，為提高中央財政收入所占比重、增強財政宏觀調控能力奠定了堅實基礎。（3）使稅制更加公平、合理、有效，適應了經濟發展對組織稅源的需要。我國正處于工業化快速發展的時期，工業是我國最重要的稅源基礎，為促進企業健康發展和培植稅源，對容易導致企業重復征收、重復建設的不合理的產品稅、工商統一稅實行重大改革，建立了以增值稅為核心，輔之以消費稅、營業稅的新流轉稅體系。同時，針對我國個人收入不斷增加、前景看好的情形，及時將個人收入調節稅、適用于外籍人員的個人所得稅和城鄉個體工商業戶所得稅合并，建立統一的個人所得稅制，為充分挖掘個人收入稅源潛力創造了有利條件。
1994年稅制改革的最大成效，就是初步建立了財政收入穩定增長的機制。稅制改革后，稅收已成為財政收入最主要的來源。此后，我們又不斷地調整和完善稅制，特別是針對稅收征管體制滯后于稅制的狀況，加快了稅收征管改革步伐。一個健康有效的稅制，必須通過與之相適應的稅收征管制度來保證實施。1998年以來，進一步加強稅收法制建設，深化稅收征管體制改革和以“金稅工程”為主要手段的稅收征管信息網絡的建設運用，建立海關緝私警察制度，這對于加強稅收征管，打擊各種偷逃騙稅、走私等涉稅違法犯罪活動，發揮了重要作用。新《稅收征管法》及其《實施細則》等一批法律法規相繼頒布實施，稅收征管力度加強，保證了稅收持續大幅度增長。2002年全國稅收收入（此為國家統計局統計口徑，已沖減了出口退稅部分）比1993年增長了3.14倍，年均增長17.1％，與同期財政收入年均增長數基本同步，其中1994——1997年年均增收995億元，1998——2002年年均增收1880億元。稅制的重大改革和不斷完善，為持續大幅度增加財政收入、增強宏觀調控能力、支持經濟和社會事業全面發展，作出了重要貢獻。
二、現行稅制存在的一些主要問題
必須看到，與發展社會主義市場經濟和全面建設小康社會的要求相比，現行稅制還有許多不完善的地方。主要表現在
1.實行生產型增值稅抑制了企業投資的積極性。我國實行增值稅改革時，從當時控制投資規模膨脹的宏觀環境和保持稅負基本穩定的需要出發，采用了國際上很少使用的生產型增值稅制。這種稅制只允許企業抵扣購進原材料所含進項稅金，不允許抵扣固定資產所含進項稅金，因而存在對資本品重復征稅的問題，影響了企業投資的積極性，制約了資本有機構成高的企業和高新技術產業的發展。隨著我國社會投資自主增長的機制不斷得到增強，生產型增值稅制的弊端愈益顯現。
2.實行內外資兩套企業所得稅制，在一定程度上抑制了內資企業發展的積極性。改革開放以來，在國內建設資金緊張的情況下，為了積極吸引外資加快經濟發展，對外資實行一定的稅收優惠政策是必要的，在實踐中發揮了重要作用。但是，隨著我國加入世貿組織和全方位擴大對外開放，繼續對外資實行稅收優惠政策，有違WTO關于公平競爭的原則，不利于內資企業健康發展，同時也是難以為繼的。
3.現行個人所得稅對調節個人收入差距的力度不夠。隨著個人收入水平不斷提高，個人所得稅起征點偏低問題突出，廣大工薪階層成為納稅的主體，而高收入者繳納稅收與其收入相比，很不相稱。特別是現行的分項按次征稅的個人所得稅制，存在很多弊端，許多高收入者只要采用“化整為零”的方法，就會輕易地使很多收入都達不到起征點，或是適用的稅率比較低，從而達到偷逃稅收的目的。此外，與個人所得稅配套的遺產稅制還沒有建立起來，弱化了對高收入者的調節力度。
4.以費代稅問題不容忽視。例如：目前交通和車輛收費管理中一個突出問題是收費負擔不合理，養路費等交通和車輛收費，基本上是按車輛噸位大小或座位個數征收，用車與不用車負擔不一樣，多用車與少用車負擔不一樣，沒有體現“多用路者多負擔，少用路者少負擔”的原則，造成社會負擔不均衡。而機動車輛消耗燃油或燃氣量的多少，與道路磨損程度基本成正比，對燃油或燃氣征稅，能夠體現“多用路、多負擔”的原則，比較公平、合理，但目前我國還沒有用燃油稅取代交通和車輛收費，這種狀況還加大了治理“三亂”現象的難度。又如：目前社會保險費主要由勞動部門征收，由于缺乏法律制約，無法解決強制性不夠、征收力度小、成本費用過高等問題，導致社會保障經費來源不穩固，這些都需要通過開征社會保障稅來解決。
