首先，記者認為，車船稅選擇以排量為切口進行征收金額劃分本身就不是很科學。因為對于傳統內燃機汽車來說，目前，渦輪增壓、可變進氣等技術已經在汽車發動機上廣泛運用。也就是說，汽車的節能減排與排量之間的必然關聯性大大降低。
其次，車船稅歸根到底是一種年度征收的“車頭稅”。雖然媒體報道的未經官方確認的草案分出了更詳細的檔次，體現了節能減排、引導消費的方向，但是“車頭稅”的本質決定了其在科學引導消費方面的潛力不是很大。此前，中國人民大學財政金融學院教授安體富在接受記者采訪時曾經表示，車船稅的從量計征方式以及較低的納稅數額，對于限制機動車數量、進而達到節能環保目標的作用并不明顯。安體富認為，燃油稅、環保稅、資源稅，對節能環保更具意義。
從長遠看，從發達國家的經驗看，“車頭稅”應當壓縮或者被合并到燃油稅中。例如，記者調查發現，美英等發達國家也非常重視私車使用環節的稅收，但都不是固定稅額，而主要通過燃油稅來實現“多開多交、少開少交”的調節功能。這種做法將直接導致百姓的錢包與汽車的節能特性和用車頻度、里程掛鉤，會比“車頭稅”發揮出更大、更科學的作用。
再有，從保護汽車消費信心，體現公平性的角度出發，國家有關部門在一些環保政策、汽車稅費政策上應當按照“新車新辦法、老車老辦法”的原則實施。因為近些年，主管部門對于節能環保小排量汽車的技術標準一直沒有清晰的界定，2009年在購置稅優惠政策實施時明確了1．6升這個技術節點。而此前，百姓購買家轎的排量選擇范圍多在2．4升以下。如果車船稅真要分級“漲價”，對于此前購車的消費者有欠公平。
一個值得關注的問題是，新的征收辦法應當明確交通限行時車船稅的退還標準。目前，北京等大城市紛紛出臺尾號限行、單雙號限行等政策。本質上是對公民私人財產使用權的一種征用。該不該補償暫且擱置一邊，每年車主繳納的車船稅如何“打折”先要明文規定，認真執行。北京對奧運期間單雙號限行停駛車輛減免稅費總數就高達13億余元。而返還這筆錢需要的社會隱形成本還沒有算進去。這從一個側面證明，限行疏堵的思路完全不符合經濟學原理，是一種社會成本高昂的笨辦法。
最后，有關部門還應當認真抓一下長期存在的車船稅征收環節亂打折的頑疾。否則，再科學的征收辦法最后也會變味。
