一、財務領導體制：實現從班子集體負責制到校長法人負責制的轉變
財務工作領導體制是高校財務管理體制的重要內容，建立科學規范的財經工作領導體制是維護學校財經工作秩序、理順財務關系、貫徹落實經濟責任制的有力保證。
新中國成立60年來，我國高等學校領導體制不斷調整和完善，先后經歷了新中國成立初期的“校長負責制”、20世紀50年代中后期的“黨委領導下的校務委員負責制”、20世紀60年代的“黨委領導下的以校長為首的校務委員負責制”、“文革”時期的“革命委員會負責制”、20世紀70年代末到80年代的“黨委領導下的校長分工負責制”和20世紀90年代至今的“黨委領導下的校長負責制”等形式和階段。學校財務工作領導體制也經歷了從實行學校黨政領導班子共同負責——集體負責制，到“校(院)長領導下的，以總會計師為首的經濟責任制”——專職主管負責制，再到“高等學校財務工作實行校(院)長負責制”——法人負責制的歷史轉變。
改革開放以前，在計劃經濟體制下，中央及有關業務部門對高校統得過多，包得過寬，管得過死。從人、財、物的分配使用，到學生的招生分配、教學計劃的制定等等都統起來、包起來、管起來，高校沒有相應的自主權。在財務上，高校資金來源主要是靠國家預算撥款，沒有經濟效益觀念，不實行教育成本核算。也不承擔任何經濟責任。因此，盡管在不同階段的學校領導體制中都強調了校(院)長的責任，但由于高校沒有自主權，校長實際上無責可負或負不了責。即使是有責任也是“校務委員負責制”“革命委員會負責制”的集體領導、集體決定、集體負責。在這樣的背景下，學校財經工作的校長負責制不可能落到實處，實質上的班子集體領導、集體負責制取代了“校長負責制”。
改革開放后。為了增強高校適應經濟和社會發展需要的能力。充分揮發揮高校潛力，調動高校辦學的積極性、主動性、創造性，提高辦學的經濟效率和社會效益，國家不斷擴大高等學校的辦學自主權。1986年3月國務院批轉了《高等教育管理職責暫行規定》，全方位地擴大了高校辦學自主權。1986年10月15日出臺的《高等學校財務管理改革實施辦法》第三條明確規定：“高等學校應根據《會計法》和國家有關規定，建立在校(院)長領導下的，以總會計師為首的經濟責任制。”建立以總會計師為首的經濟責任制，有利于集中學校財權，解決多支筆審批財務開支的混亂局面，使總會計師能夠積極參與學校整個經濟工作的預測和決策。從組織和管理上，在保證學校各項事業的順利進行等方面起到一定的作用。但總會計師只是學校的一名副職校級行政領導成員，與其他副校(院)長一樣，只能是校(院)長的助手，協助校(院)長歸口領導和管理學校的財經工作，不可能真正承擔起學校的經濟責任。
1994年7月13日《國務院關于(中國教育改革和發展綱要)的實施意見》中明確指出“深化高等教育體制改革，建立政府宏觀管理、學校面向社會自主辦學體制。”“通過立法，明確高等學校的權利和義務，擴大學校的辦學自主權，使學校真正成為面向社會自主辦學的法人單位。”1997年出臺的《高等學校財務制度》從加強高等學校財經工作宏觀調控能力和強化財務管理的需要出發，根據權責結合的原則。提出高校財務工作的校(院)長負責制。第六條明確規定：“高等學校財務工作實行校(院)長負責制。”1998年頒布的《高等教育法》第三十條規定：“高等學校自批準設立之日起取得法人資格。高等學校的校長為高等學校的法定代表人。高等學校在民事活動中依法享有民事權利，承擔民事責任。”第三十九條還規定：“國家舉辦的高等學校實行中國共產黨高等學校基層委員會領導下的校長負責制。”以法律的形式確定高等學校的領導體制，為完善學校的管理提供了法律保障。
高校(院)長是學校的法人代表，是學校各項工作的總負責人，具有全面領導和管理學校各項工作的法定權力。因此，他必須相應地承擔包括財經工作經濟責任在內的各種責任。高等學校建立校(院)長財經工作負責制是與法定的權力相匹配的，這一體制有利于發揮校長的行政領導作用，增強學校財經工作的宏觀管理和協調能力，做到了責、權、利統一，促進了學校經濟責任制落到實處。
二、財務管理模式：實現從“集中管理”到“分級管理”的轉變
新中國成立60年來，我國高等教育的管理體制隨著教育事業的發展，不斷調整和完善，大致經歷了集中統一領導、分散管理和統一領導、分級管理階段。目前，我國高等教育是實行中央統一領導，中央和省、市、自治區兩級管理的體制。高等學校內部的財務管理體制，隨著經濟體制的改革、教育體制的變遷，相應地進行了調整和改革。新中國成立后至改革開放前，與高度集中的計劃經濟體制和高等教育管理體制相適應，我國高校主要實行“統一領導，集中管理”的內部財務管理模式。這種財務管理模式就是在學校的統一領導下，根據事業發展的需要由學校統籌安排和使用學校的各項經費和資源，對財經工作和財務活動進行集中統一管理。這種模式的好處是權力和財力高度集中，便于直接管理、統一調配。其弊端是由于財經工作的管理權過于集中，學校基層單位缺乏自主權，難以調動學校內部各單位生財、理財、增收節支的積極性。
改革開放后。特別是在由計劃經濟體制向社會主義市場經濟體制轉變的過程中，高校主動適應形勢的發展。大膽引入市場機制，進行教學、科研及內部管理體制改革，使學校由過去單純的教學、科研活動，逐漸轉變為教學、科研、技術開發、咨詢服務和生產經營等各項活動并舉，成為面向市場經濟自主辦學的事業法人實體。與之相應的是學校經濟利益更加多元化、經濟關系日趨復雜化、財務管理日益精細化，這些都要求學校必須實行與之相適應的、體現高校辦學自主權、適合學校校情的、合理有效的財務管理模式，以規范財經工作，理順財務關系，加強財務管理。改革開放初，國家及教育主管部門從深化學校管理體制改革，增強活力的客觀需要出發，為了加強管理，提高工作效率，調動校內各單位的積極性，提出在有條件的學校實行“統一領導、分級管理”的財務管理模式。對學校及校內單位適當下放財權，逐步建立健全學校自主辦學的財務運行機制。1997年頒發的《高等學校財務制度》在總結以前高校財務管理體制改革經驗的基礎上，提出“高等學校應實行‘統一領導、集中管理’的財務管理體制；規模較大的學校實行‘統一領導、分級管理’的財務管理體制。”。進一步確定了“統一領導，分級管理”的財務管理模式。2007年財政部、教育部《關于“十一五”期間進一步加強高等學校財務管理工作的若干意見》進一步強調：高等學校應實行“統一領導、集中管理”的財務管理體制，規模較大的學校也可實行“統一領導、分級管理、集中核算”的財務管理體制。“高等學校必須確保學校財務規章制度、經濟分配政策、經濟資源配置、財務收支預算、會計核算等高度統一。”
從實行“統一領導，集中管理”的財務管理模式到實行“統一領導，分級管理”的財務管理模式的轉變，是深化高等教育改革、落實高校自主權和調動校內各單位積極性。理順財務關系和加強經濟責任制的重要舉措。這一模式要求學校財經工作在學校的統一領導下，嚴格執行學校統一的財經方針政策、財務收支計劃和財務規章制度的前提下，在明確校內各級各單位權、責、利關系的基礎上，根據財權劃分、事權與財權相結合的原則，由學校和校內各級各單位(即二級單位)進行分級管理。目前，絕大多數高校都實行“統一領導，分級管理”的財務管理模式，財經工作由一級管理、一級核算，向二級管理、一級核算或兩級管理。兩級核算方面轉變。這一模式的實行適當擴大了基層單位的自主權，極大地調動了高校及校內各單位生財、理財的積極性，高校收入迅速增加，經濟實力大大增強，資金使用效益明顯提高。
三、財務工作主管：從非專業領導負責到推行總會計師制的轉變
改革開放后，隨著高校經濟業務范圍不斷擴大，經濟工作復雜性不斷提高，經濟工作對學校教學、科研等各方面工作影響不斷加深，學校財務工作的重要性和專業性越來越受到人們的重視，人們越來越清晰地認識到，在高校領導班子中必須要有懂經營、會財會、善管理的成員專職從事學校財務管理領導工作，以適應新形勢對高校領導班子的要求。因此，培養和選拔具有經濟觀念、財會知識和財務管理經驗的干部進入學校領導層，優化校級領導班子的知識結構日趨重要。改革開放以來，我國借鑒企業經濟管理的經驗，就高校設置總會計師制度進行了探索，逐步明確了總會計師在高校財務管理中應有的地位和作用，并通過在部分高校推行總會計師制度，積累了一定的經驗。
早在1979年教育部頒發《教育部部屬高等學校(會計人員職權條例)實施細則》時就提出了建立總會講師的經濟責任制。第十四條規定：“凡設立一級財會機構的高等學校，根據工作需要，一般應當設置總會計師，建立總會計師的經濟責任制。總會計師既是技術職稱，又是行政職務，其職位相當于副校(院)長級”，并規定了高校總會計師的基本職責和工作權限。1982年，財政部轉發的《教育部部屬高等學校財務管理試行辦法》中也強調：“部屬高等學校應當建立在校(院)長領導下的以總會計師為首的經濟責任制，由總會計師協助校(院)長全面領導學校的各項財經工作，并負責處理學校日常財經方面的重大問題，實行‘一支筆’審批財務開支的制度。暫時沒有條件設置總會計師的學校，必須責成一位副校(院)長代行總會計師的職權。”1985年1月21日由全國人大常委會通過的《中華人民共和國會計法》第二十一條規定：“大、中型企業，事業單位和業務主管部門可以設置總會計師，總會計師由具有會計師以上技術職稱的人員擔任。”1986年10月15日，國家教委、財政部頒發的《高等學校財務管理改革實施辦法》的第三條指出：“高等學校應根據《會計法》和國家有關規定，建立在校(院)長領導下的，以總會計師為首的經濟責任制。總會計師協助校(院)長全面負責學校的各項財經工作，實行‘一支筆’審批財務開支的制度。”1987年10月28日，國家教委發布了《高等學校總會計師工作試行規程》，分總則、職責、權限、任免、獎懲、附則等六章三十條，全面系統地對在高校試行總會計師制作了規定。1991年10月29日國家教委和財政部聯合下發了《關于高等院校貫徹(總會計師條例)的實施意見》，文件根據高等院校的實際情況，提出了在高校貫徹國務院《總會計師條例》的具體意見和要求，文件進一步強調了在高等學校設置總會計師的必要性和重要性，要求高校盡快培養和造就大批合格的總會計師人才，積極創造條件，逐步設置總會計師。1991年，國家教委、財政部印發《高等學校“八五”期間財務工作的若干意見》，將加速推行校(院)長領導下的總會計師經濟責任制作為“八五”期間高校財務工作的重點，并要求“‘八五’期間高等學校的主管部門應與學校一起積極選拔和培養總會計師。規模較大的高等學校要在1995年前配備完畢。總會計師統一領導高等學校內部的財務管理和會計核算工作。”1994年國家教委發布的《關于當前國家教委委屬高校財經工作中幾點意見的通知》中再次強調：“委屬高校日常財經工作原則上堅持實行校(院)長領導下的總會計師經濟責任制。”1997年頒發的《高等學校財務制度》的第六條明確規定：“高等學校財務工作實行校(院)長負責制。符合條件的高等學校，應設置總會計師，協助校(院)長全面領導學校的財務工作。凡設置總會計師的高等學校，不設與總會計師職權重疊的副校(院)長。規模較小的高等學校，由主管財務工作的校(院)長代行總會計師職權。”《高等學校財務制度》進一步理順了總會計師與校(院)長之間的權責關系，強調了總會計師在學校財經工作中的領導作用。明確總會計師協助校(院)長全面領導學校的財務工作。要求凡設置總會計師的高等學校，不應設置與總會計師職權重疊的副校(院)長。2007年財政部、教育部發布的《關于“十一五”期間進一步加強高等學校財務管理工作的若干意見》進一步強調：“規模較大的高等學校按國家有關規定經批準可以設置總會計師崗位，協助校(院)長全面領導學校的財經工作，直接對校
都必須單獨設置財務處(室)，作為學校的一級機構，在校(院)長的直接領導下和上級部門的指導下，統一管理全校的財務會計工作。”第五條還特別強調“學校校辦工廠和其他業務部門，根據工作需要必須配備專職財會人員或設置財會機構，在業務上，受學校財務處(室)的指導、監督。”文件下發后，在國家教委的部署下，國家教委直屬高校很快將在總務處下設的財務科，升格為校(院)長直接領導下的財務處，財務處成為學校一級財務綜合管理部門。此后，其他中央部委院校和地方高等院校也相繼成立了財務處。其后，財政部和國家教委三令五申，要求各高等院校必須建立健全財務機構，以加強對學校財務和各項資金的管理，并著重強調學校的財務處(室)是學校唯一的一級財務機構，是學校財經管理的職能部門，應在校(院)長和總會計師的直接領導下，對全校的財經活動進行歸口管理。1991年4月8日國家教委、財政部共同印發的《高等學校“八五”期間財務工作的若干意見》強調：“財務處是學校實行財務工作統一領導的職能機構，要加強財務處對全校財務工作的領導作用。……不得在財務處之外設立同級預算外財務機構，已經設立的要立即撤銷。”1994年11月17日國家教委下發的《關于當前國家教委委屬高校財經工作中幾點意見的通知》特別強調：“財務處作為財經管理的職能部門，應對全校的財經活動實施歸口管理。各校均不得在財務處之外，設立同級財務機構。”1997年頒布的《高等學校財務制度》第七條重申了學校財務處(室)作為學校一級財務設置機構的地位，指出“高等學校必須單獨設置財務處(室)，作為學校的一級財務機構，在校(院)長和總會計師的領導下，統一管理學校的各項財務工作，不得在財務處{室)之外設置同級財務機構。”第八條明確了校內其他部門設置的財務機構只能作為學校二級財務機構。“高等學校校內后勤、科技開發、校辦產業及基本建設等部門因工作需要設置的財務機構，只能作為學校的二級財務機構，其財會業務接受財務處(室)的統一領導。高等學校二級財務機構必須遵守和執行學校統一制定的財務規章制度，并接受財務處(室)的監督和檢查。”2007年財政部、教育部聯合下發的《關于“十一五”期間進一步加強高等學校財務管理工作的若干意見》中再次強調“高等學校的財務部門是負責學校財務管理的綜合機構，在校(院)長和總會計師的領導下，參與學校財經決策的討論和有關規定制定工作，對學校各類經濟活動實施管理、核算和監督。”由于教育部和財政部的高度重視，高校財務機構作為學校一級機構設置的地位得到了落實和鞏固，其管理職能大大加強，作用也得到了較為充分發揮。
高校財務機構設置由學校總務部門下屬的二級科室升格為校一級財務處(室)，機構地位的這一變化既體現了各級領導對高校財會工作重視程度的提高，更體現了高校財務機構職能的轉變和作用的增強，這為高校財會工作的轉軌變型提供了堅實的組織體制上的保證。這一轉變也實現了高校財會工作從簡單的記賬、算賬、報賬的核算型，向生財、聚財和理財的管理型的轉變。
