行政事業審計作為財政審計工作的一部分，與其他類型審計內容和重點雖然有許多共同點，但由于行政事業單位多是“公權”單位和管理單位收支有其獨自特點，對其審計同其他類型審計也存在諸多差異。筆者通過近幾年來的學習、實踐和總結，認為目前行政事業審計的內容和重點是行政事業單位的預算和決算、票據、費和罰、賬戶、資產五個方面。
一、預算和決算，即審計行政事業單位財政預算編制的科學性、合理性；財政預算撥款的真實性、及時性，財政決算的真實性。每年年末，各行政事業單位都要按照財政部門的要求編制下一年度的財政收支預算和本年度財政決算。為此，依據各級人大批復預算主要審計預算編制的預算收入、預算外收入、其他收入是否可行、完整，預算支出、預算外支出、其他支出是否真實、夸大，既要保證行政事業單位正常運行所需經費，又要在不同部門、同行業之間統籌兼顧，發揮財政資金的最大效益，不致于造成財政資金的浪費；審計預算內外支出看財政決算的真實性，分析財政預算與財政決算差額原因。預算撥款的及時性、真實性。主要審核財政部門是否按照人大批準的預算，分級分批撥付財政資金，滯撥、停撥的原因，追加預算的必要性和科學性，既要防止“會哭的孩子有奶吃”跑錢、要錢給錢的現象，又要防止“不哭的孩子無奶吃”不跑不要不給的現象。
二、票據，即審計行政事業單位行政性、事業性收費和罰沒收入、罰沒物品使用的票據真實性、合理性、合法性。一是在審計時主要審閱行政事業單位行政性、事業性收費和罰沒收入、罰沒物品使用的票據的真實性，是否有中央或省級財政部門印（監）制的公章和同級財政部門加蓋的公章，重點審計有無白條或自制收據收費和罰沒的行為，有無收費和罰沒不給合法票據的行為。二是審計行政事業單位從財政部門領用票據的收、發、存數量和號碼是否相互吻合：審計票據收、發、存內部控制制度是否健全并有效實施，包括領用和注銷情況，重點審閱領票未登記、用票未注銷、單位之間相互借用票據等違紀違規現象；審核統一事項票據不同聯之間金額是否一致，有無大頭小尾現象，審閱票據所記載基本內容是否完全、清晰，是否合乎邏輯；核對票據收、發、存票據號碼是否一致，復算單位時間內（天 月 年）票據金額及合計是否與持有現金、繳存銀行數額相符，有無執收執罰個人和單位只領票據不繳款、少繳款、長期占壓、挪用擠占行政性、事業性收費和罰沒收入、罰沒物品的行為。
三、費和罰，即審計行政事業單位行政性收費、事業性收費、罰沒收入、罰沒物品、費用支出的合法性和真實性。行政事業單位多具有執收執罰職能的單位，加強對行政性收費、事業性收費、罰沒收入、罰沒物品、費用支出的審計主要抓好以下幾個環節：一是征收和罰沒環節。征收，主要審閱行政事業單位是否憑價格主管部門頒發的《收費許可證》收費，收費內容是否與《收費許可證》所載內容一致。審計罰沒收入，主要審閱執法主體是否具有執法資格，執罰主體是否按照法律、法規和規章規定依法進行，涉及處罰的自由裁量是否恰當，重點審計不該收而收、不該罰而罰、變相收、罰等違紀違規行為。審計罰沒物品，主要審核罰沒物品查扣、保管、變賣是否符合法律、法規和規章的規定，查扣、沒收物品是否依法進行，沒收物品是否妥善保管，登記造冊，有無亂堆、亂放、亂拿、亂用的行為。二是繳存環節。審計行政事業單位是否存在收而不繳財政專戶、罰而不繳財政預算的行為；是否存在未經許可設立征收和罰沒過渡戶的行為；是否存在坐支、挪用、私設“小金庫”和賬外賬的行為。費用支出主要審計其真實性、合法性：審閱費用支出的單據內容是否詳實、清晰，是否合乎邏輯，必要時可對費用支出（采購）對象進行實地盤點；審閱批準手續是否合規；審核有無開而不支、移花接木、少支多開等違紀違規行為。
四、賬戶，即賬戶設置，審計銀行賬戶設置的合規性。審計行政事業單位是否存在未經財政部門許可私自設立過渡戶的行為，經批準未取消的賬戶的款項是否及時全額繳入財政規定賬戶，有無收而不繳、私存個人名下的行為；有無從財政部門大額支取周轉金進行周轉的行為；有無將財政性資金滯留在下屬單位坐支、挪用等違紀違規行為。
五、資產，即審計行政事業單位固定資產核算的完整性、合理性、真實性。審計行政事業單位在實行會計中心集中核算時是否將資產賬簿移交到會計核算中心，實行全面真實核算，會計核算中心與核算對象每年是否定期進行對賬，對賬結果是否進行調整并及時進行賬務處理；非財政資金渠道取得的固定資產有無進行賬務處理；固定資產的領用、保管、報廢是否建立健全內部控制制度并有效實施；固定資產變價收入是否及時繳入財政賬戶，有無設置賬外賬、“小金庫”的行為。
