電算化會計檔案管理中主要存在以下問題：
一是對電算化會計檔案的組成認識不足。會計電算化雖已實施較長時間，但會計人員和單位領導缺乏會計檔案管理的經驗，很多單位只是將打印出的會計檔案存檔，并未將存儲在計算機中的會計信息備份在磁性介質上歸檔保存，從而影響會計檔案的完整性。電算化會計檔案比傳統會計檔案具有更廣泛的內涵，電算化會計檔案除傳統概念的會計檔案外，還包括會計電算化過程中形成的紙質文件、電子文件以及系統軟件。由此可見，在會計電算化條件下，會計檔案的載體除了包括打印輸出的記賬憑證、會計賬簿、會計報表外，還包括電算化會計系統中的所有系統軟件、會計軟件程序及其全套文檔資料。
二是對電算化會計檔案調閱方法認識不足。由于不具備傳統會計檔案的直觀可視性，電算化會計檔案必須在特定的計算機硬件與軟件系統環境中才可顯示，而目前許多企業因為沒有將會計軟件的版式及軟件系統很好地保存，導致電算化軟件升級后，不同版本的會計數據不能被調用。
三是對電算化會計檔案保存的硬件措施不配套。采用電子計算機進行會計核算的單位，應當保存打印出的紙質會計檔案。但目前由于一些單位受條件限制，沒有配備激光打印機或噴墨打印機，仍使用老式的針式打印機，致使打印輸出的會計檔案未達到規定的保存期限，且沒有按照國家檔案局規定的庫房管理制度標準，建立專門的電算化會計檔案保護制度。
四是會計電算化檔案保管人員職責不清，在會計電算化條件下，由于會計數據被記錄在磁盤或光盤等磁性介質上，在技術上對電子數據非法修改可以不留痕跡。這種通過計算機技術手段實施的信息篡改、修改、復制、偽造÷銷毀等違法亂紀行為具有很強的隱蔽性和社會危害性，相對手工會計系統而言，發現利用計算機舞弊的難度更大。因此在沒有及時修訂單位的會計檔案管理制度，未制定相應的會計電算檔案保管人員職費情況下，會計檔案的人為破壞和自然損壞現象較為普遍。
五是缺乏必要的計算機維修、網絡安全維護人才。電算化下的檔案管理涉及到軟件、系統安全、維護等一系列專業問題，電算化會計檔案管理要求所從事人員不僅要熟悉會計核算工作的各項專門方法，還必須同時掌握必要的計算機操作和維護知識。但目前大部分單位僅對會計人員進行一定的培訓后，便安排其使用操作軟件系統，會計人員對軟件系統的管理與維護還不熟悉，容易導致較大的失誤。
針對以上問題，筆者擬提出改善措施如下：
其一，加強電算化會計檔案的完整性管理。會計數據在未打印成書面形式輸出前，應妥善保管并保存副本。記賬憑證、總分類賬、現金日記賬和銀行存款日記賬都應打印輸出，并按照有關稅務、審計等管理部門的要求，及時打印輸出有關賬簿、報表。電算化會計檔案應定期將會計數據備份至磁性介質，并設立備查登記簿，提供備份時間、數量、保管方式等備份細節信息。由于磁性介質的特殊性，管理人員必須對會計電算化檔案進行定期檢查、復制，以防止會計信息損壞。
其二，加強電算化會計檔案與對應會計軟件版本一致性的管理。因為在不同版本軟件下形成的會計檔案數據的結構可能不同，從而導致會計檔案不能被調閱或者產生某些預料外的錯誤。所調閱的會計檔案有兩種情況：一是所調閱的會計檔案的版本號與當前會計電算化系統版本號一致，此時只需將所需調閱的檔案通過電算化軟件系統的檔案調閱功能進行調閱即可；二是所調閱的會計檔案的版本號與當前會計電算化系統版本號不一致，只需在另一臺電腦上安裝與此檔案相對應版本的電算化系統，然后再進行調閱。因此，會計電算化檔案除保存各種版本和備份會計數據外還應保存對應版本的會計電算化軟件版本。
其三，加強會計檔案保管人員的權責管理。在電算化條件下，會計數據高度集中在磁盤、光盤等磁性介質上，未經授權的人員出于私利和不正當的目的有可能通過計算機和網絡瀏覽全部數據，復制、偽造、銷毀一些重要的會計數據，會計信息的完整性、安全性受到挑戰。因此對電算化會計檔案的各項內容要規定不同的使用權限。普通數據，可輸送大范圍共享，涉及單位機密的數據，僅供一定需要的人使用；設計原程序文件、數據結構文件等，僅主管人員或程序開發人員才能使用。通過這樣設置，保證電子檔案的安全性，減少人為修改的可能性。建立嚴格的借用手續制度：查閱會計檔案，需經財務部門負責人批準，按照檔案管理的有關規定，辦理借閱手續。外單位查閱本部門會計檔案，要有單位介紹信，并經主管領導、財務部門負責人批準。任何人如有偽造、非法涂改變更、故意毀壞數據文件、賬冊、備份磁盤的行為，將受到行政處分，情節嚴重者，將追究其法律責任。
其四，對所有的會計數據應進行雙備份。由于電算化會計檔案是存儲在磁性介質或光盤上的，根據這些信息載體的物理特性，在形成這些檔案時應實行“AB備份法”進行數據的備份。備份時要注明形成檔案的時間與操作員姓名，并貼上寫保護封簽，存放在兩個不同的地點，防止意外事故發生引起整個會計電算化系統的毀滅與系統的不可恢復性。檔案應保存在遠離磁場的位置，注意防磁、防火、防潮、防塵等。對采用磁性介質保存的檔案，還應定期進行檢查，定期進行復制，防止由于磁性介質的損壞，而使會計檔案丟失，造成無法挽救的損失。
其五，改善硬件設施，配備具有高清晰度的激光或噴墨打印機，作為輸出紙質會計檔案工具，確保打印輸出的會計檔案達到規定的保存期限。同時須提供專用的會計檔案庫房。配置適宜安全保存檔案的專門庫房，配備防盜、防火、防漬、防有害生物的必要設施。為了使盤片不變形，庫內溫度要保持在15～25度，相對濕度保持在45％～60％為宜，庫房應配有溫、濕度測量儀和空調器，嚴格監測，及時調整。
其六，提高會計部門人員素質，完善人員配置結構。會計電算化，不僅需要一定的專業會計人員，而且需要一定的計算機人員參與維護日常使用和確保其數據的安全。所以必須不斷提高會計人員的計算機操作能力，同時需要有一定數量的計算機高級人才管理與維護電算化會計軟件的正常使用、網絡的安全運行，不斷開發更合理、高效的電算化會計軟件。只有兩者共同配合，才能有效保證會計電算化的正常運行。
