內部控制機制的核心是實現現代企業制度“管理科學”目標的重要內容和“產權清晰、權責明確”目標的重要保證。完善的法人治理結構是確保企業內部管理指令運行順暢、管理效率提高的重要手段，是內部控制的基礎。
內部控制是法人治理結構有效運行的保障。當前，出資企業在建立現代企業制度、完善公司法人治理結構等方面的內部控制制度還存在不足。如少數企業在重大經營決策、重大財務活動等方面缺乏嚴格的規章制度；一些企業內部控制在執行上各方權責不清，內部治理通道不太順暢。因此，在建立現代企業制度、完善企業法人治理結構過程中，必須要建立與之相適應的內部控制機制，確保現代企業制度真正有效建立、企業法人治理結構健全完善。
