第一，會計檔案管理現狀及其原因。
一是會計檔案的案卷質量不高。會計資料是會計核算過程中形成的記錄和反映經濟業務的發生、執行情況的資料，是會計檔案的組成要件，其收集裝訂是由會計機構的會計人員來完成的，因此會計檔案的質量取決于會計人員對會計資料的審核監督及收集裝訂。會計資料的審核是確保其質量的重要措施之一，也是會計人員的職責，但實際工作中由于會計職能的弱化，會計的監督職能未能很好地發揮作用，不能確保會計資料的真實、合法，或者是合法的會計資料掩蓋了非法的經濟行為。同時由于裝訂是由會計人員來完成，一般采取誰收集、誰裝訂的方法，難以保證其統一的整齊規范和美觀大方。
二是沒有設置獨立的檔案部門，會計檔案的安全和保密性難以保障。檔案部門是會計檔案管理工作的組織保證，設置獨立檔案部門是工作的需要也是法律規章的要求。但實際工作中很多醫院，大多數均未設置此機構，各類檔案工作由檔案形成人員負責，大量的收費票據由收費處保管，會計憑證裝訂保管由收集的會計人員負責，會計賬簿、其他會計資料、電算化系統管理及介質存儲等。由于會計機構內部沒有指定專人負責會計檔案管理，各處工作分散、存放分散、管理環節分散，電算化會計資料未及時打印出來，沒有清點、裝訂成冊及沒有匯總的清冊記錄，造成檔案保管不規范，難以保證檔案的完整、安全和保密。這種現象隨著醫院規模不斷擴大，業務量激增，甚至出現不斷惡化的趨勢。
三是沒有或未及時向檔案部門移交會計檔案。根據《會計檔案管理辦法》規定，設有檔案部門的，當年形成的會計檔案，在會計年度終了后，可暫由會計機構保管一年，期滿之后，原則上應由會計機構編制清冊移交本單位檔案部門統一保管。會計機構必須按期將應當歸檔的會計檔案，全部移交檔案部門。實際工作中，會計機構為了查詢方便，或者由于裝訂歸檔不及時，會計檔案長期擺放在財務部門，要么未按期向檔案部門移交，要么不向檔案部門移交。
四是未充分開發利用檔案。會計檔案屬專業檔案，除具有普通檔案的一般特征外，另一突出特征就是其專業性，由此決定了會計檔案管理人才所應具備的知識結構，但目前的現狀是會計管理機構沒有專職的檔案管理人才，醫院檔案部門沒有專門的管理會計檔案的人才。作為醫院的重要經濟史料，大量的經濟檔案由會計管理機構人員兼職管理，僅能做到收集整理歸檔；檔案部門的職能也僅為保存與提供利用，而對于檔案價值的體現，即檔案的開發利用幾乎為零。由于開發利用不充分，不能有效體現檔案的價值，直接影響人們對會計檔案重要性的認識，對會計檔案的有效管理極為不利。
五是會計檔案銷毀難。會計檔案的銷毀是會計檔案管理一系列工作中不可缺少的重要一環。實際工作中這一環節往往不受重視，大有無人來銷、無人敢銷毀的局面。究其原因，一方面是數量大，開展工作需花費大量的人力物力；另一方面是鑒定銷毀缺乏可操作性規定。
第二，完善會計檔案的管理措施。
一是加強會計檔案管理及操作技能培訓、考核與監督檢查。面對各類方式的檔案收集裝訂現象，使用專人負責是解決問題的好方法，但在不具備人才條件情況下，由于會計人員是會計檔案整理的第一責任人，會計人員對會計檔案規范化管理的熟知、熟練程度，決定了會計檔案案卷質量的高低，因此，財政部門必須加強會計人員培訓，將會計檔案管理及操作技能培訓作為會計從業人員的崗位培訓及繼續教育內容長抓不懈，使其熟練掌握會計檔案管理的基本知識及操作技能，經常進行監督、評比、考核，將檔案規范化內容納入日常管理工作中，從源頭上做好會計檔案管理的規范化與標準化工作，提高案卷質量，對確保會計資料及國有資產的安全完整具有重要意義。
二是配備專人，實現會計檔案的有效管理。檔案管理工作包括檔案的收集、整理、立卷、歸檔、保管、統計、利用、編研及鑒定銷毀等一系列環節，由于多數醫院會計檔案工作無專人負責，這一系列工作有的環節由會計兼職，有的環節根本沒有執行，更談不上會計檔案的管理。醫院的會計檔案與人事檔案、病歷檔案同等重要，醫院規模不斷擴大、就醫環境不斷改善、人民生活水平、保健意識不斷提高的情況下，檔案數量也激增。因此設立專門的檔案部門、配備專人管理會計檔案尤顯必要。醫院領導應加強對會計檔案工作重視，保證管理工作所需的人力物力，依據法規，考慮實際工作需要，配備專人管理會計檔案，把檔案清點、裝訂成冊，做好匯總清冊記錄，保證會計檔案整齊有序、內容齊全：做好防磁、防火、防潮、防塵、防盜、防蟲、防鼠工作，嚴格執行安全與保密制度，建立健全檔案的歸檔、借閱、移交、銷毀等登記管理制度，切實保障會計資料的安全、完整、保密，是加強會計檔案管理、提高管理質量、發揮檔案價值、實現會計檔案管理有效的根本保證。
三是加強往來款項管理，及時結清債權債務，減少賬務查詢。財務部門自身查詢的方便是其不及時向檔案管理部門移交檔案的根本原因，查詢產生的一個主要原因是未結清的債權債務。由于醫院對債權債務清理工作不到位，致使很多往來款款項長期掛賬，沒有統一的清理期限，從而加大了查詢需求。因此，財務部門應加強往來款項管理，及時結清債權債務，盡量減少賬務查詢工作，使會計檔案能按規定及時向檔案管理部門移交。
