新頒布的39項企業會計準則已于今年開始在上市公司等執行，標志著我國會計準則建設基本實現與國際趨同。會計準則、會計核算方法及原則的變化，對會計利潤和納稅所得產生了較大影響，企業財務會計與稅收之間的差異需要進一步協調。在內外資企業所得稅合并的過程中，既要充分考慮我國實際經濟情況和，又要考慮政策的連續性，更要注重稅法與會計準則的協調。
一、合并后企業所得稅與會計準則采用相同標準的內容
（一）工資、“三費”的扣除標準
合并后的企業所得稅應統一標準，并且與企業會計準則相一致，工資、費用可以在稅前全額扣除，徹底廢除“計稅工資”的概念。全額扣除工資和有關費用還有利于避免重復征稅，工資等費用交由個人所得稅進行調節，更為合理。
（二）公益性捐贈的扣除標準
對于直接捐贈，內外資企業所得稅均不允許稅前扣除。
從受贈方角度看，接受捐贈時已經按規定繳納了所得稅，雙方就同一資產重復征稅。
（三）折舊與攤銷的扣除標準
關于固定資產的折舊年限，內資企業由行業財務制度規定，外資企業則由稅法規定。關于固定資產殘值比例，內資企業為原值的5%以內，外資企業則為不低于原值的10%。
對無形資產的攤銷也應借鑒會計準則的處理方法，尤其在沒有規定攤銷年限的情況下，不應采用較長的攤銷年限。由企業綜合各方面因素判斷，以確定無形資產能為企業帶來經濟利益的期限。
（四）借款費用資本化的標準
二、合并后企業所得稅與會計準則保持一定差異的內容
（一）業務招待費、廣告宣傳費等實行限額扣除
（二）研發費用的稅收優惠政策
（三）資產減值的處理存在差異
三、所得稅法中應體現所得稅會計處理方法
《企業會計準則——所得稅會計》明確規定：企業應采用資產負債表債務法對企業所得稅進行處理，這已經在上市公司和部分國有企業開始執行。但是必須看到的是，大多數企業和財務人員、稅務人員對資產負債表法較陌生。
新準則的規定打破了這種陳規，會計人員在進行賬務處理時，稅務人員在進行稅收征管時都不同程度地增加了難度。在合并后的企業所得稅中增列專門關于資產和負債處理的規定非常有必要，在稅法中采用“計稅基礎”概念，這些都有利于所得稅會計采用資產負債表債務法。
當然，企業所得稅與會計準則還存在眾多的差異，如企業因改組發生的重估凈增值、向關聯方支付成本費用等，都需要進一步協調。
