一、績效審計的難點
績效審計（目前，也有人稱經濟效益審計），在我國現階段仍是一個新生事物。無論是理論研究還是實踐經驗，都較缺乏，因此，在我國現階段進行績效審計工作，確實很難。
1、績效審計期望上的難點
績效審計的對象雖然是企業或組織，但是績效審計報告和文件的利用者、使用者，卻具有多元化的特點。無論是企業、事業單位，還是企業員工或“納稅人”以及立法機關對同一個績效審計報告關心的程度和側重點的不同，因此，要求績效審計報告能夠得到盡可能多人的認可，確實具有很大的難度。
為了解決這個難點，績效審計項目的選擇就顯得非常重要。在選擇前，績效審計機構應該進行通盤考慮。應該選擇那些人民群眾關心的、對社會發展和經濟建設具有重大意義的項目；同時，這些項目也應該是政府和立法機關非常關注的；這些項目涉及的資金足夠多；管理這些項目具有較大的風險，而其預期的效益、效率或效果卻很有價值；這些項目從審計的角度來說，還應該具有可審性。
2、績效審計在評估上的難點
績效評估正確與否，將直接影響績效審計的正確性。對于被審計對象來說，出于自身利益的考慮，必然會千方百計提出種種證據或理由，來論證所進行活動的科學性、合法性和正確性。由于績效審計人員的知識結構與被審計對象相關人員知識結構的不同，因此，在實際的審計工作中，就有可能出現“作為內行的被審計人員哄騙作為外行的審計人員”的情況。
績效評估是績效審計的客觀準繩。績效評估是對被審計對象現實活動所作出的一種實事求是的評論與估價。只有這種評論與估價是準確的，被績效審計的對象才會口服心服。在績效審計的的實踐中，績效評估常常是最有爭議的領域。如何使績效評估客觀公正，確實是績效審計中的一大難點。
作為績效評估，必須要運用相應的指標體系，對照統一的標準，按照一定的審計程序，通過定性和定量的對比分析，對實際情況和預期目標進行客觀、公正、正確、準確的綜合評價。
3、績效審計在標準上的難點
從績效審計的實踐來看，績效審計標準一般可以分為兩大類。一類是規范化的績效審計標準，另一類是非規范化的績效審計標準。
應該說，規范化的績效審計標準并不應該成為審計的難點。因為它涉及的都是政策、法律、法規、制度、相關的程序等具有強制性特點的標準。它們也是被審計對象制定活動規劃的基礎。因此，在績效審計工作中不容易引起雙方的誤解。當然，由于我國社會公共產品的管理水平還相當落后，甚至一些規范化的績效審計標準也不能得到被審計對象的認同。解決這個問題，應該是提高管理水平。
非規范化的績效審計標準，常常是審計雙方爭論的焦點。非規范化的績效審計標準涉及的是被審計對象績效的計量標準、良好活動的運行模式、活動外部環境的變化等。這些標準具有動態和個性化的特點。標準本身不統一，有些標準只有被審計對象自己才能制定，沒有任何其他活動的標準作參考。
因此，它們對被審計對象的約束力就比較小。績效審計報告如果以此提出問題，其說服力顯然就很小。
4、績效審計在成果落實上的難點
績效審計的成果表現在績效審計報告中。可是從我國績效審計的實踐來看，最終的建議往往涉及到社會、國家、政府的制度安排或者體制、機制方面的問題。這些都不是單個的企業或組織能夠解決的問題。然而，在績效審計成果中，如果對如此重大的問題不報告，企業或組織的績效又怎么能夠提高呢？
二、開展績效審計存在的問題
1、績效審計與財政或財務審計的業務銜接
績效審計的基礎是財務或財政審計。因此，績效審計絕對離不開財務或財政審計。
現在的問題是：已經進行過財務或財政審計的企業或組織，進行績效審計時，是否還要再進行一次財務或財政審計？如果需要，那么是否意味著本來就已經非常緊張的社會審計資源的浪費？如果不需要，那么績效審計工作依據過去的財務或財政審計數據，是否具有可靠性、時效性？
解決這一問題的關鍵應該是審計業務的有效銜接。需要審計機構合理地安排財務審計與績效審計的工作量，注意在項目審計的過程中，對這兩類審計工作進行協調。這里涉及的，不但有不同審計機構的審計銜接問題，也有同一審計機構不同審計人員的銜接問題，還有審計資料時間上的銜接問題。
在我國目前審計資源非常匱乏的情況下，對于項目的真實性、合理性和合法性風險都比較高的企業或組織，應該主要安排財務或財政審計；對于那些影響比較大、管理風險高的企業或組織，應該積極安排績效審計。只有對那些特別重要、投資特別巨大的項目，才同時安排這兩種不同類型的審計。
2、績效審計的人員素質如何提高
績效審計對廣大審計人員來說，是一項全新的工作。不但對審計人員的素質提出了很高的要求，而且對審計人員的知識更新提出了新的要求。因此，提高審計人員素質是影響到績效審計成敗的關鍵。
實際上，由于我國的法律環境并不十分理想，腐敗問題還是普遍的社會問題，因此，財務審計的工作量就已經非常大了。現在又要提倡績效審計工作，這就使我國本來非常匱乏的審計資源更顯得捉襟見肘了。為此，國家審計署應該加強績效審計隊伍的建設。各級審計機構也應該未雨綢繆，從現在起就應該安排人員進行這方面的知識儲備和必要的學習進修。審計學院和相關院校的審計專業，也應該積極籌備開設績效審計的課程和專業。
3、績效審計的制度建設
政府部門是績效審計最重要的對象。可是由于眾所周知的原因，審計機構要想對政府部門進行績效審計是非常困難的。相對來說，我國政府的職責并不非常明確。我國政府，特別是各級地方政府，相當一部分力量用于組織地方的經濟建設，而不是行政管理工作和經濟工作的宏觀調節。
我國許多政府的負責人尚不能擺正自己與審計機構之間的關系。錯誤地認為審計機構是在本級政府的領導下開展審計工作的，因此，審計工作的目標與重點，應該符合政府工作的總體目標，而不是給政府“找茬子”。
我國政府的預算管理制度至今仍很不健全，很不完善，基本上沒有資金運用的績效概念。當前我國正在積極探索建立政府績效預算管理制度的問題，對政府的預算支出提出相對明確的績效要求和考核標準。這就可以為審計機構開展績效審計創造良好的條件。反之，績效審計的有效開展，既可以為政府績效預算管理制度的進一步完善，提供審計方面的保證，又可以為政府再次組織同類型的活動，積累績效預算和管理方面的經驗，為政府的下期活動提供決策服務。
